Среди тех, кто не успел эвакуироваться на Таманский полуостров, были и военнослужащие группы, прикрывавшей эвакуацию. Руководил группой начальник отдела военной подготовки штаба Крымского фронта полковник Павел Максимович Ягунов. 14 мая он был назначен заместителем начальника штаба фронта и в тот же день начал выделять отдельные батальоны и ударные группы из личного состава резерва. Основу этого отряда, кроме командиров и политработников резерва и личного состава 1-го фронтового запасного полка, составили несколько сотен курсантов военных училищ, бойцы и командиры 276-го стрелкового полка НКВД и 95-го пограничного полка, 1-й и 2-й батальоны которого закрепились на позициях севернее Аджимушкая, а также военнослужащие различных родов войск частей и соединений фронта, которые «уже 13 мая стали заполнять проходы каменоломен».
Небольшая группа разрослась до нескольких тысяч солдат за счет отступающих солдат и жителей, бежавших из города. Более десяти тысяч военнослужащих укрылись в Великих катакомбах и три тысячи — в Малых. Гарнизонами руководили Ягунов и М. Г. Поважный. Первое время немцы не могли понять, откуда появляются внезапно атакующие части РККА. Но вскоре они обнаружили укрытие и подтянули туда дополнительные силы. Путем непрерывных атак немецким частям удалось отбросить красноармейцев внутрь каменоломен, но дальнейшие попытки взять каменоломни штурмом закончились провалом. Отряд Ягунова стойко отразил все атаки немцев.
Катакомбы не были приспособлены для долговременной осады: не было необходимых запасов продовольствия, медикаментов, оружия и боеприпасов, а колодцы — единственный источник питьевой воды — находились только снаружи. Каждая вылазка за водой превращалась в бое-столкновение и, по воспоминаниям бойцов, «за ведро воды платили ведром крови». Немецкое командование, догадавшись по этим вылазкам о проблемах у осажденных с водой, отдало приказ засыпать колодцы в районе каменоломен (в поселке Аджимушкай их было два — «сладкий» и «соленый»). Ситуация достигла критической точки: катастрофически не хватало оружия, боеприпасов, продуктов и воды. К тому же немцы стали использовать взрывчатку для обрушения тоннелей и закачивать в катакомбы отравляющие газы.
Тринадцатого июня 1942 г., на 357-й день войны, начальник Генерального штаба сухопутных войск вермахта генерал-полковник Франц Гальдер в своем военном дневнике записал: «Генерал Окснер. Доклад об участии химических войск в боях за Керчь»{105}. Эта бесстрастная запись о трагедии в Аджимушкайских каменоломнях — документ, уличающий немецкое командование в применении варварских методов массового уничтожения советских людей и использовании оружия, запрещенного Гаагской конвенцией и Женевским протоколом. Начиная с 24 мая немцы, замуровав все входы, в течение нескольких дней пускали отравляющие газы и дым в пещеры, где укрылись осажденные. Большая часть их погибла от последствий отравления. 30 октября немцы окончательно захватили катакомбы, взяв в плен нескольких оставшихся в живых защитников. Из примерно 13 тысяч человек (среди которых было много гражданских лиц, преимущественно стариков, женщин и детей), которые спустились в катакомбы, после 170-дневной осады в живых остались всего 48… Имена подавляющего большинства защитников подземного гарнизона до сих пор остаются неизвестными, но память о подвиге защитников Аджимушкая будет жить вечно.
Керчь была полностью разрушена. Уничтожены все промышленные предприятия, культурно-бытовые учреждения, объекты городского хозяйства, 85 % жилого фонда. В момент освобождения в городе оставалось всего тридцать жителей… Указом Президиума Верховного совета СССР от 14 сентября 1973 г. Керчи было присвоено звание города-героя.
Потеря Керченского полуострова существенно ухудшила положение защитников Севастополя. Немецкое командование перебросило к городу части 11-й армии, высвободившиеся на Керченском полуострове. Перед Манштейном была поставлена задача овладеть городом в кратчайший срок.
Третий штурм Севастополя немецкие войска начали 7 июня. Советский гарнизон мужественно оборонялся, отражая ежедневно по 15–20 атак противника. Немецкая артиллерия ежедневно обрушивала на город до 126 тысяч снарядов различного калибра, а люфтваффе совершали до 1000–1500 самолетовылетов в сутки. Ценой немалых потерь немецким войскам удалось 18 июня выйти к Северной бухте, Инкерману и Сапун-Горе.