Функции начальника штаба Верховного главнокомандующего определялись утвержденным 16 июля 1914 года «Положением о полевом управлении войсками в военное время»: «Он есть ближайший сотрудник Верховного Главнокомандующего по всем частям и должен быть в полной мере осведомлен во всех его планах и предположениях… Он обязан представлять Верховному Главнокомандующему соображения о направлении военных действий и о мерах по их обеспечению… В соответствии с указаниями Верховного Главнокомандующего он разрабатывает и передает подлежащим войсковым начальникам распоряжения относительно ведения военных операций, также своевременно осведомляет их об обстановке и происходящих в ней изменениях… Все распоряжения Верховного, объявляемые начальником штаба словесно или письменно, исполняются как повеления Верховного… В случае болезни Верховного управляет всеми вооруженными силами его именем, а в случае смерти Верховного немедленно заступает на его место впредь до назначения государем нового Верховного, хотя бы главнокомандующие армиями фронтов и командующие отдельными армиями были старше его в чине». Впрочем, все это выглядело так красиво и четко только на бумаге. Алексеев прекрасно понимал, что с императором в роли Верховного главнокомандующего полномочия начальника его штаба будут выглядеть крайне расплывчато и меняться в зависимости от ситуации. Так оно и случилось.
В Могилёв Михаил Васильевич прибыл с тремя офицерами, которым предстояло стать его ближайшими сотрудниками. Дольше всех Алексеев знал генерал-майора (с декабря 1915 года генерал-лейтенанта) Вячеслава Евстафьевича Борисова — с ним они вместе служили в 1882—1887 годах в 64-м пехотном Казанском полку, вместе окончили Академию Генштаба, а затем встретились в его Главном управлении. Там же Алексеев познакомился с полковником Александром Александровичем Носковым. С началом Первой мировой Алексеев забрал обоих к себе в штаб Юго-Западного фронта, соответственно генералом для поручений и начальником разведывательного отделения штаба. А генерал-майор Михаил Саввич Пустовойтенко с 1914 года был генерал-квартирмейстером штаба сначала Юго-Западного, а затем Северо-Западного фронта. Всем троим Алексеев доверял и на первом же докладе императору заявил, что может работать только с помощниками, которых уже хорошо знает. И хотя алексеевская «команда» никакого восторга у старожилов Ставки не вызвала, император занял сторону Михаила Васильевича. В итоге Пустовойтенко стал генерал-квартирмейстером штаба Ставки, Борисов — генералом для поручений при Алексееве, а Носков — штаб-офицером для делопроизводства и поручений.
Комплекс зданий, которые заняла Ставка, разместился на Губернаторской площади Могилёва (ныне Советская площадь). 25 августа 1915 года Николай II поселился на втором этаже дворца губернатора, а Алексеев занял две комнаты на втором этаже дома, где размещалось управление генерал-квартирмейстера (эти здания разделяли буквально сто шагов). На том же этаже жили Пустовойтенко и Борисов.
Полковник Генерального штаба В.М. Пронин так описывал императорскую Ставку: «На южной окраине Могилёва, на высоком и крутом берегу Днепра, откуда открывался прекрасный вид на заднепровские дали, стоял небольшой двухэтажный губернаторский дом. Здесь имел пребывание Государь Император во время своих приездов в Могилёв. Почти вплотную к этому дому, или как мы его называли — “дворцу”, примыкало длинное двухэтажное здание Губернского правления; в нем находилось Управление генерал-квартирмейстера, этого “святая святых” всей русской армии. Перед “дворцом” и Управлением была довольно большая площадка, обнесенная со стороны прилегавшего к ней городского сада и улицы железной решеткой… В ближайших аллеях сада и на прилегающей к площадке улице несли дежурство чины дворцовой полиции и секретные агенты, которых мы называли “ботаниками”. Дабы не обращать на себя внимание, они, внешне сохраняя непринужденный вид, словно прогуливались, останавливались у дерева или цветочной клумбы и как бы внимательно их рассматривали, в то же время зорко следя за всеми прохожими и проезжими. Невдалеке, напротив Управления генерал-квартирмейстера, за садом, в большом здании Окружного суда, помещалось Управление дежурного генерала Ставки, во главе которого стоял генерал Кондзеровский».