Между тем политическая ситуация в стране изменилась. Октябрьский переворот на Юго-Западном фронте, далеком от Петрограда, не отразился никак, но 20 ноября было провозглашено создание Украинской Народной Республики, а Юго-Западный и Румынский фронты объединились в единый Украинский, подчиненный Киеву. Началась поголовная «украинизация» армии, те части, которые отказывались переходить под юрисдикцию Украины, снимались с довольствия. Служба в авиагруппе становилась невыносимой, солдаты уже откровенно призывали к расправе над офицерами. 4 декабря, не желая подчиняться приказу снять погоны, выстрелом в голову покончил с собой один из лучших военлетов группы, кавалер ордена Святого Георгия 4-й степени и Георгиевского креста 4-й степени прапорщик Э.К. Леман. На следующий день Казаков подписал, вероятно, самый тяжелый приказ в его жизни: «Согласно постановлению Военно-революционного комитета 7-го авиационного дивизиона приказываю прекратить всякие полеты». К этому времени уже были отменены офицерские чины и упразднены ордена, а все командные должности в армии сделаны выборными. 9 декабря общее собрание солдат 1-й боевой авиагруппы единогласно выбрало командиром бывшего старшего унтер-офицера, большевика Ивана Павлова — того самого, которого Казаков хвалил за октябрьский воздушный бой. Через три дня бывший подполковник и бывший георгиевский кавалер Казаков сдал Павлову командование группой…
Впрочем, даже в разгар хаоса, охватившего русскую армию, о Казакове не забыли бывшие сослуживцы — летчики XIX корпусного авиаотряда, входившего в 1-ю боевую авиагруппу. 17 декабря они единогласно избрали Казакова своим командиром, но службу в подобных условиях Александр Александрович продолжать уже не мог. Боевые действия на фронте не велись, летать было запрещено, а как командовать не выполняющими даже элементарных приказов солдатами, Казаков не знал. Воспользовавшись обострившимися последствиями ранений, он взял отпуск и 20 декабря 1917 года уехал для лечения в Киев, а оттуда в Москву.
Начало 1918 года прошло для Казакова, как и для многих русских офицеров, под знаком растерянности и непонимания происходящего. Ярко выраженных политических убеждений у военлета не было, а Москва была переполнена бывшими офицерами, по тем или иным мотивам служившим в новорожденной Красной армии. Под влиянием их рассказов у Казакова вполне могли появиться иллюзии по поводу того, что с советской властью можно сработаться. В итоге Казаков и его друзья-летчики С.К. Модрах, А.Н. Свешников и Д.А. Борейко добились аудиенции у наркома по военным делам Л.Д. Троцкого и предложили ему помощь по возрождению русской авиации в новом обличье. Некоторое время Троцкий, видимо, обдумывал предложение бывших офицеров, так как кандидатура Казакова рассматривалась на должность начальника Главного управления Военно-воздушного флота РСФСР. Однако возглавить советские ВВС Казакову все же не пришлось. Его и Свешникова всего лишь прикомандировали к ГУВВФ для выработки штатов, табелей и положений о службе истребительных авиагрупп.
Неудивительно, что такое положение дел Казакова не устроило. Кроме того, очень скоро Московская ЧК заинтересовалась деятельностью комиссии, в которой трудился Казаков, и объявила ее «очагом контрреволюции». Александр Александрович перестал посещать службу и получил повестку о том, что обязан сообщить о своем местонахождении, иначе его объявят врагом революции. Выход был только один — бежать из города. Компанию Казакову составил его ровесник и друг еще по Авиационному отделу, где он заведовал моторно-авиационным классом, — кавалер Георгиевского оружия и ордена Святого Георгия 4-й степени, командир 2-й, а позднее 3-й боевой авиагруппы капитан Сергей Карлович Модрах. Это был не только талантливый летчик, но и авиаконструктор — в 1917-м Модрах построил высоко оцененный специалистами истребитель СКМ, единственный экземпляр которого еще в начале 1920-х годов использовался в качестве учебного.
Друзья решили направиться в Мурманск, в то время занятый британскими войсками. Англичане появились на Русском Севере благодаря соглашению, заключенному в марте 1918-го с председателем Мурманского губернского совета А.М. Алексеевым. Тогда существовала опасность оккупации Финляндии германскими войсками, а где Финляндия — там и Мурманский край. Чтобы обеспечить его безопасность от немцев, 14—18 марта в Мурманске высадились англичане и французы. Москва сначала отреагировала на это спокойно, но в июне Алексеева объявили вне закона, а от стран Антанты потребовали вывести войска с территории России. Но к тому времени те уже видели в Советской республике союзника Германии и вместо вывода войск начали наращивать свое военное присутствие на севере. Неизбежным стало появление еще одного фронта Гражданской войны. 6-й армии красных, закрывавшей путь на юг, противостояли англо-франко-американские части и армия генерала Е.В. Миллера, формирование которой началось в Архангельске.