Ночь на 3 декабря стала для «Севастополя» роковой. В корабль попали сразу три японские торпеды, в результате чего броненосец потерял управление. После этого корабль мог использоваться только в качестве несамоходной плавучей батареи. Артиллерийские стрельбы по врагу севастопольцы вели до вечера 19 декабря, когда на корабле был оглашен тягостный для моряков приказ — затопить броненосец в связи со сдачей крепости Порт-Артур. 20 декабря буксир «Силач» вывел «Севастополь» из бухты. К этому дню команда корабля состояла всего из сорока человек, а обязанности старшего офицера с 13 ноября исполнял Петр Черкасов. Борт обреченного корабля он покидал предпоследним. Командир «Севастополя», капитан 1-го ранга Н.О. фон Эссен, и сжимавший в руках кормовой флаг броненосца Черкасов со слезами на глазах следили за тем, как израненная в боях громада медленно погружается в волны. «Севастополь» уходил гордо, как и полагается русскому боевому кораблю, с развевающимся на мачте сигналом «Погибаю, но не сдаюсь», который поднял на стеньге фок-мачты Черкасов…
По итогам Русско-японской кампании Петр Нилович Черкасов был награжден орденами Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом, Святого Станислава 2-й степени с мечами и Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом. Отличился в боях и старший брат Петра Василий Черкасов — в родной дом он вернулся с орденами Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом, Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом, Святого Станислава 2-й степени с мечами и Золотым оружием «За храбрость».
Трагическая новость пришла в семью Черкасовых летом 1904 года. 16 июня погиб в чине лейтенанта брат Петра — 30-летний Анатолий. Он служил на первой русской подводной лодке «Дельфин». Когда во время учебного погружения возникла нештатная ситуация, Анатолий отказался покинуть гибнущий корабль и остался на лодке, дав возможность спастись проходившим обучение новичкам… Похоронили верного долгу моряка на Смоленском кладбище Петербурга. Братья Черкасовы получили известие о гибели Анатолия еще на «Севастополе», отслужили по нему панихиду… Этот случай глубоко запал Петру в душу. Скорбя по брату, он вместе с тем гордился его поступком.
По возвращении с Дальнего Востока Черкасов некоторое время находился в отпуске — раны, полученные в боях с японцами, давали о себе знать. Только 24 августа 1907 года признанный годным для дальнейшей службы офицер получил новое назначение. На этот раз оно было мирным — служить предстояло на построенном в 1895 году учебном судне «Верный». Но Черкасов хотел вернуться именно на боевой корабль и два года спустя добился своего — командование предложило ему миноносец № 213. Это был построенный на петербургской Охтинской верфи трехтрубный корабль водоизмещением 205 тонн, вооруженный тремя 37-миллиметровыми пушками французского производства и тремя торпедными аппаратами. И хотя этот спущенный на воду в мае 1903-го миноносец уже считался морально устаревшим (его скорость составляла 24 узла, в то время как зарубежные аналоги в то время давали уже около 30 узлов), Петр Нилович с удовольствием согласился на предложение. 15 октября 1909 года теперь уже старший лейтенант Черкасов впервые ступил на палубу в полном смысле «своего» корабля…
«Миноносником» Черкасову довелось быть чуть меньше года. 1 октября 1910-го он был зачислен штатным слушателем Николаевской морской академии по военно-морскому отделению, а год спустя начал посещать дополнительный курс академии по отделению военно-морских наук. 6 декабря 1912 года, в день тезоименитства императора Николая II, он был произведен в капитаны 2-го ранга. В том же месяце разошлись служебные пути братьев Черкасовых — Василий, которому долгое время доводилось служить вместе с младшим братом, получил назначение на строившийся черноморский линкор «Иоанн Златоуст».
1913 год ознаменовался для Петра Ниловича радостным событием — он наконец встретил свою единственную даму сердца, 31-летнюю Сусанну Владимировну Гильтебрандт. Ее дедом был придворный медик, а отцом — скончавшийся 30 ноября 1912 года тайный советник Владимир Аполлонович Гильтебрандт, занимавший должность врача при центральных учреждениях Морского министерства и Главного адмиралтейства. Родной дядя жены П.Н. Черкасова, Яков Аполлонович Гильтебрандт, с 1909 года имел чин адмирала. Морским офицером был и двоюродный брат Сусанны Владимировны, Кирилл Платонович Гильтебрандт, с которым П.Н. Черкасов был знаком еще по Порт-Артуру. В Первую мировую он командовал на Балтике тральщиком «Взрыв» и был убит матросами в марте 1917 года.