Военный министр А.И. Гучков предложил на пост Главковерха кандидатуру Алексеева. Но против этого возразил М.В. Родзянко, неожиданно обвинивший Алексеева в… «тайном монархизме». 19 марта Временное правительство постановило: «Признать, что в интересах успешного ведения войны представляется мерой неотложного освобождения генерала Алексеева от обязанностей Верховного Главнокомандующего. Желательным кандидатом является генерал Брусилов». Но по настоянию Гучкова ситуацию все же разрешили «демократическим» способом, опросив по телеграфу 18 высших воинских начальников и попросив их… самим избрать Верховного главнокомандующего. В итоге 13 человек высказались об Алексееве в целом благоприятно, четверо — генерал от кавалерии А.А. Брусилов, генералы от инфантерии А.Ф. Рагоза, В.Н. Горбатовский и Ю.Н. Данилов — отозвались о нем без энтузиазма, подчеркнув безволие как основное качество характера Алексеева, а Н.В. Рузский от ответа вовсе уклонился, сославшись на то, что «выбор Верховного должен быть сделан волею правительства». В итоге «демократия» победила, и 2 апреля 1917 года М.В. Алексеев получил телеграмму из Петрограда: «Временное правительство назначает Вас Верховным Главнокомандующим. Оно верит, что армия и флот под Вашим твердым руководством исполнят свой долг перед родиной до конца».
О том, как приняли чины Ставки назначение Алексеева Верховным, свидетельствуют воспоминания Н.М. Дубенского: «Сдача Великим Князем верховного командования генералу Алексееву повергла всех в уныние, и стало ясно, что революция теперь не остановится и скорая погибель армии, а с ней и России, неизбежны. Ставка при этом хорошо понимала, что генерал Алексеев Верховным Главнокомандующим ни по своему характеру, ни по своим способностям, ни по системе своего труда, при котором он стремился одинаково внимательно разрешать и крупные и мелкие вопросы, быть не может».
Впрочем, такого мнения придерживались далеко не все. Еще до официального назначения Алексеева Главковерхом начали происходить перемены и в самой Ставке: начальником ее штаба 11 марта стал генерал от инфантерии Владислав Наполеонович Клембовский, который, как мы помним, еще с декабря 1916 года был помощником начштаба. Но уже через две недели Клембовский был назначен в состав Военного совета, а его преемником по настоянию Гучкова стал командир 8-го армейского корпуса, хорошо знакомый Алексееву генерал-лейтенант Антон Иванович Деникин — один из талантливейших русских полководцев Первой мировой. В Могилёв он прибыл 25 марта, а официально вступил в должность 5 апреля. Пост генерал-квартирмейстера 15 апреля по приглашению Алексеева занял генерал-майор Яков Давыдович Юзефович, пришедший с должности начштаба 2-го кавалерийского корпуса. 12 мая он стал 1-м генерал-квартирмейстером, а должность 2-го генкварта получил хороший знакомый Деникина — командующий 10-й пехотной дивизией генерал-майор Сергей Леонидович Марков.
Надо сказать, что Алексееву не понравился приказной порядок, в котором был назначен в Ставку Деникин — в этом он увидел «опеку правительства» над Ставкой. Недоволен был и сам Деникин — боевой генерал, не имевший никакой склонности к штабной работе. В итоге на первых порах между Верховным и начальником его штаба возникла напряженность. А.И. Деникин вспоминал:
«25 марта я приехал в Ставку и тотчас был принят Алексеевым.
Алексеев, конечно, обиделся.
— Ну что же, раз приказано…
Я снова, как и в министерстве, указал ряд мотивов против своего назначения, и в том числе — отсутствие всякого влечения к штабной работе. Просил генерала Алексеева совершенно откровенно, не стесняясь никакими условностями, как своего старого профессора, высказать свой взгляд, ибо без его желания я ни в каком случае этой должности не приму.
Алексеев говорил вежливо, сухо, обиженно и уклончиво: масштаб широкий, дело трудное, нужна подготовка, “ну что же, будем вместе работать”…
Я, за всю свою долгую службу не привыкший к подобной роли, не мог, конечно, помириться с такой постановкой вопроса.
— При таких условиях я категорически отказываюсь от должности. И чтобы не создавать ни малейших трений между вами и правительством, заявлю, что это исключительно мое личное решение.
Алексеев вдруг переменил тон.
— Нет, я прошу вас не отказываться. Будем работать вместе, я помогу вам; наконец, ничто не мешает месяца через два, если почувствуете, что дело не нравится — уйти на первую откроющуюся армию…
Расстались уже не так холодно».