Прощание с покойным продолжалось два дня. Тысячи людей спешили отдать последние почести полководцу. 27 сентября Алексеев был погребен в Свято-Екатерининском кафедральном соборе Екатеринодара. На одном из венков, возложенных на гроб детьми и подростками Екатеринодара, была сделана надпись «Не видели, но знали и любили».
Вступивший в командование Добровольческой армией (на момент смерти ее создателя она насчитывала около 40 тысяч штыков) А.И. Деникин отдал свой первый приказ:
«Сегодня окончил свою полную подвига, самоотвержения и страдания жизнь генерал Михаил Васильевич Алексеев.
Семейные радости, душевный покой, все стороны личной жизни — он принес в жертву служения Родине. Тяжелая лямка строевого офицера, ученый труд, боевая деятельность офицера Генерального штаба, огромная по нравственной ответственности работа фактического руководителя всеми вооруженными силами русского государства в Отечественную войну — вот его крестный путь. Путь, озаренный кристальной честностью и героической любовью к Родине — великой и растоптанной.
Когда не стало Армии и гибла Русь, он первый поднял голос, кликнул клич русскому офицерству и русским людям.
Он отдал последние силы свои созданной его руками Добровольческой армии. Перенеся и травлю, и непонимание, и тяжелые невзгоды страшного похода, сломившего его физические силы, он с верой в сердце и с любовью к своему детищу шел с ним по тернистому пути к заветной цели спасения Родины.
Бог не судил ему увидеть рассвет. Но он близок. И решимость Добровольческой армии продолжать его жертвенный подвиг до конца пусть будет дорогим венком на свежую могилу собирателя Русской Земли».
Имя М.В. Алексеева, основателя Добровольческой армии, стало одним из символов Белого движения на юге России. 27 ноября 1918 года имя покойного генерала получил Партизанский пеший казачий полк, который в октябре 1919-го был развернут в Партизанскую Генерала Алексеева пехотную дивизию в составе двух пехотных полков и Алексеевской артбригады. В марте 1920 года дивизия была переформирована в Отдельную Партизанскую Генерала Алексеева пехотную бригаду, а в ноябре, уже в Галлиполи, — в Партизанский Генерала Алексеева пехотный полк. Эта часть в 1921 году была перебазирована в Болгарию, где через год прекратила существование. Отличительными чертами обмундирования «алексеевцев» были фуражки с белыми тульями и синими околышами, повторявшие цвета дореволюционных студенческих фуражек, и также синие погоны с белыми просветами и шифровкой «А».
17 октября 1919 года название «Генерал Алексеев» было присвоено кораблю Белого Черноморского флота — линкору «Воля» (до 1917 года — «Император Александр III»). В ноябре 1920 года линкор в составе русской эскадры ушел из Крыма в Бизерту, где четыре года спустя был передан французскими властями в распоряжение СССР. Однако к тому времени огромный корабль был уже непригоден для эксплуатации, восстановить его тоже оказалось невозможным, и в 1936 году «Генерал Алексеев» был разобран на металл. Восемь орудий главного калибра с него были переданы Финляндии, а в 1945-м достались Советскому Союзу и поступили на вооружение береговой артиллерии. Одно из орудий линкора «Генерал Алексеев» сегодня можно видеть в Петербургском артиллерийском музее, другое — в музее на Поклонной горе в Москве. 8 ноября 1919 года имя М.В. Алексеева было присвоено также Кубанскому военному училищу.
В 1920 году, во время отступления Вооруженных сил Юга России, вдова М.В. Алексеева Анна Николаевна настояла на том, чтобы прах ее мужа был перевезен в Королевство Сербов, Хорватов и Словенцев и захоронен на Новом кладбище Белграда. В годы правления в Югославии И.Б. Тито над могилой Алексеева возвышался лишь скромный памятник с лаконичной надписью «Воин Михаил». Однако 12 сентября 2010 года в Белграде над местом захоронения М.В. Алексеева было установлено новое надгробие, средства на которое были пожертвованы самыми разными людьми — от школьников до известного кинорежиссера.
Семья М.В. Алексеева в марте 1949 года поселилась в Аргентине. Его сын Николай и вдова Анна Николаевна в 1960-м скончались в Буэнос-Айресе, дочь Вера умерла там же в 1992-м в возрасте девяноста трех лет. Внучка М.В. Алексеева Мария Михайловна Бауман, очень много сделавшая для увековечивания памяти деда, скончалась в Буэнос-Айресе в мае 2012 года.
…Современная историческая литература, как правило, содержит полярные оценки полководческой и политической деятельности Михаила Васильевича Алексеева. Для кого-то он в первую очередь основатель и вождь Добровольческой армии, «икона» Белого движения, талантливейший полководец Первой мировой, для кого-то — один из главных ликвидаторов Российской империи, предавший своего государя ради ложных политических химер. Однако никто не может отрицать того, что в своих действиях М.В. Алексеев никогда не руководствовался мотивами личной выгоды. Всю жизнь он защищал только интересы Родины, России — так, как он их понимал.