22 июня М-35 встретила в Севастополе. Заблаговременно в городе была объявлена воздушная тревога, личный состав, отпущенный в увольнения, прибыл на корабли как раз к отражению налета немецких самолетов. В 12 часов дня из известной речи В. М. Молотова моряки узнали, что налет был не случайностью и не провокацией, а самой настоящей войной. О том, что она продлится 1418 дней и ночей, будет сопряжена с небывалыми испытаниями и многочисленными жертвами, тогда еще никто не знал. И несмотря на то что моряки догадывались, что сокрушение нацистской военной машины окажется нелегким делом, все они горели желанием принять в этом активнейшее участие. Хотя экипаж был еще не до конца отработан, командование доверило 28-летнему капитану на пятые сутки войны вывести корабль в боевой поход.
Последовавшие вслед за этим между июлем и сентябрем второй, третий, четвертый и пятый походы также не только не увенчались успехами, но даже не сопровождались встречами с противником. В этом не было ничего удивительного, поскольку большинство позиций подлодок было развернуто командованием вблизи своих берегов на случай попытки немцев высадить морские десанты в Крыму и на Кавказе. Ничего подобного, как стало известно после войны, немецкое командование и не замышляло, больше рассчитывая на свои танковые клинья, поддержанные бомбардировщиками люфтваффе. У многих черноморских подводников нетерпение перешло в раздражение, которое, после того как враг вышел к Одессе и Перекопу, сменилось отчаянием. Большинство в те дни испытывало схожие чувства, но только не Михаил Грешилов. Подводя итоги первых походов, он впоследствии писал:
Только в шестом походе Михаилу Васильевичу досталась по-настоящему боевая позиция – участок вражеской прибрежной коммуникации между румынскими портами Констанца и Сулина. В тот момент этот район был свободен от вражеских мин, а противолодочных кораблей в германо-румынском флоте на тот момент еще не имелось. Казалось бы, подходи к берегу, атакуй и топи. Но на самом деле все было далеко не так просто. Огромное количество песка и ила, выносимого в море через рукава устья Дуная, делали район очень мелководным. Даже «малютке» развернуться здесь оказалось весьма нелегко. Это проявилось в первой же атаке.