Во время посещении Кронштадта делегацией американских моряков во главе с героем Гражданской войны адмиралом Фаррагутом, последний изъявил желание посмотреть корабли отряда Попова. Но когда гости усаживались на катер, Бутаков (как старший начальник) неожиданно отстранил Попова от участия в поездке, сославшись на то, что в катере для контр-адмирала нет места. Конечно, это было оскорблением. Попов незамедлительно написал Бутакову письмо, в котором требовал объяснения. В ответном письме Бутаков заверил Попова в своей преданности и расположении, но это была, разумеется, лишь отписка. Напряжение в отношениях не прекратилось. Двух старых сослуживцев несколько раз пытался вновь подружить прямодушный дядька Степан, но из этого ничего не получилось. Некоторые исследователи считают, что во многом неприязни Бутакова к Попову способствовала супруга первого Амалия Арсеньевна, имевшая немалое влияние на своего мужа.
Несмотря на огромную занятость на эскадре, Бутаков не перестает интересоваться последними европейскими военно-морскими новинками. Именно он первым обратил внимание и на отставного поручика изобретателя Алексея Давыдова, который экспериментировал с созданием морских мин, а затем создал первый в мире прибор автоматического управления стрельбой на корабле.
Увлечение Бутакова атаками кораблей шестовыми минами совсем скоро будет востребовано на вступившем в войну с турками Черноморском флоте. Как всегда, к новому делу Бутаков подходил с присущей ему обстоятельностью. Для подготовки минеров он незамедлительно создал при эскадре минную команду в семь десятков человек. Теперь помимо таранных ударов на кораблях отрабатывали атаку на минных катерах с шестовыми минами и уклонение от этих атак. Именно в минной команде Бутакова получили свои боевые навыки будущие герои минных атак турецкого флота Дубасов, Зацаренный и Скрыдлов.
В конце 1867 года великий князь Константин утвердил комиссию для рассмотрения вариантов будущих броненосцев, разработанных под руководством контр-адмирала Андрея Попова и генерал-майора Степана Чернявского. Вошел в состав комиссии и Бутаков.
Как и можно было предположить, при обсуждении новых проектов броненосца схватились между собой Бутаков с Поповыми. Дело в том, что Попов усиленно пропихивал свою идею о строительстве круглых броненосцев, пригодных лишь для прибрежного плавания.
— Мы не настолько богаты, чтобы строить эскадры мореходных броненосцев, а потому следует пока ограничиться созданием круглых судов с толстой броней и небольшой осадкой!
— Наоборот, – гневно возражал Бутаков. – Мы не настолько богаты, чтобы заниматься разной ерундой и экспериментировать с созданием круглых уродов, тогда как весь мир строит именно мореходные корабли. Надо идти проверенным путем, по которому идет весь мир, а не выкидывать на ветер казенные деньги. Если подобный порядок вещей продолжится, то у нас останутся только слепые исполнители в вопросе кораблестроения вместо самостоятельных мыслителей
Перебранка адмиралов перешла на личности. А возбужденный Бутаков уже обвинял министерство и великого князя в покровительстве Попову и предательстве интересов России. Это было уже чересчур. В результате произошедшего скандала члены комиссии вопреки Бутакову одобрили все предложения Попова. Как показала история, в том яростном споре абсолютно прав был Григорий Иванович Бутаков, но тогда он оказался в одиночестве.
В начале кампании 1868 года Бутакова назначили старшим флагманом Балтийского флота, с оставлением в должности командующего броненосной эскадрой. Старший флагман – это аналог сегодняшней должности командующего флотом.
Самое приятное, что назначение старшим флагманом означало не столько расширение круга обязанностей, сколько повышение денежного содержания. Думается, последнему особенно обрадовалась хозяйственная Амалия Арсеньевна.
В эту кампанию артиллеристов обучали пальбе по щитам, вначале по неподвижным и затем по буксируемым параллельно стреляющему кораблю, и, наконец, самому сложному – на быстро расходящихся контркурсах.
В конце летней кампании 1868 года броненосную эскадру проверила комиссия адмирала Ефима Путятина. Из отзыва комиссии: «Начальник броненосной эскадры вице-адмирал Бутаков 1-й глубоко понял назначение и будущую роль вверенных ему судов и не упустил с расчетом и необыкновенным умением воспользоваться всеми находящимися в его руках средствами и каждой минутой времени для приведения как судов броненосной эскадры, так и команд, на них находящихся, к возможному совершенству».
Летом следующего года на Транзундском рейде эскадру посетил император Александр II. Вначале царю показали образцовое маневрирование и выходы кораблей в таранные атаки, затем была показана атака минная. Катера с шестовыми минами стремительно атаковали стоявший на рейде старый списанный фрегат «Филоклет». Катера ткнули минами в борт фрегата, последовал оглушительный взрыв, и от старика «Филоклета» остались лишь щепки. Император был в восторге от увиденного. Одно дело – читать докладные записки, и совсем другое – увидеть все своими глазами.