Во время посещении Кронштадта делегацией американских моряков во главе с героем Гражданской войны адмиралом Фаррагутом, последний изъявил желание посмотреть корабли отряда Попова. Но когда гости усаживались на катер, Бутаков (как старший начальник) неожиданно отстранил Попова от участия в поездке, сославшись на то, что в катере для контр‑адмирала нет места. Конечно, это было оскорблением. Попов незамедлительно написал Бутакову письмо, в котором требовал объяснения. В ответном письме Бутаков заверил Попова в своей преданности и расположении, но это была, разумеется, лишь отписка. Напряжение в отношениях не прекратилось. Двух старых сослуживцев несколько раз пытался вновь подружить прямодушный дядька Степан, но из этого ничего не получилось. Некоторые исследователи считают, что во многом неприязни Бутакова к Попову способствовала супруга первого Амалия Арсеньевна, имевшая немалое влияние на своего мужа.
Несмотря на огромную занятость на эскадре, Бутаков не перестает интересоваться последними европейскими военно‑морскими новинками. Именно он первым обратил внимание и на отставного поручика изобретателя Алексея Давыдова, который экспериментировал с созданием морских мин, а затем создал первый в мире прибор автоматического управления стрельбой на корабле.
Увлечение Бутакова атаками кораблей шестовыми минами совсем скоро будет востребовано на вступившем в войну с турками Черноморском флоте. Как всегда, к новому делу Бутаков подходил с присущей ему обстоятельностью. Для подготовки минеров он незамедлительно создал при эскадре минную команду в семь десятков человек. Теперь помимо таранных ударов на кораблях отрабатывали атаку на минных катерах с шестовыми минами и уклонение от этих атак. Именно в минной команде Бутакова получили свои боевые навыки будущие герои минных атак турецкого флота Дубасов, Зацаренный и Скрыдлов.
В конце 1867 года великий князь Константин утвердил комиссию для рассмотрения вариантов будущих броненосцев, разработанных под руководством контр‑адмирала Андрея Попова и генерал‑майора Степана Чернявского. Вошел в состав комиссии и Бутаков.
Как и можно было предположить, при обсуждении новых проектов броненосца схватились между собой Бутаков с Поповыми. Дело в том, что Попов усиленно пропихивал свою идею о строительстве круглых броненосцев, пригодных лишь для прибрежного плавания.
— Мы не настолько богаты, чтобы строить эскадры мореходных броненосцев, а потому следует пока ограничиться созданием круглых судов с толстой броней и небольшой осадкой!
— Наоборот, – гневно возражал Бутаков. – Мы не настолько богаты, чтобы заниматься разной ерундой и экспериментировать с созданием круглых уродов, тогда как весь мир строит именно мореходные корабли. Надо идти проверенным путем, по которому идет весь мир, а не выкидывать на ветер казенные деньги. Если подобный порядок вещей продолжится, то у нас останутся только слепые исполнители в вопросе кораблестроения вместо самостоятельных мыслителей
Перебранка адмиралов перешла на личности. А возбужденный Бутаков уже обвинял министерство и великого князя в покровительстве Попову и предательстве интересов России. Это было уже чересчур. В результате произошедшего скандала члены комиссии вопреки Бутакову одобрили все предложения Попова. Как показала история, в том яростном споре абсолютно прав был Григорий Иванович Бутаков, но тогда он оказался в одиночестве.
В начале кампании 1868 года Бутакова назначили старшим флагманом Балтийского флота, с оставлением в должности командующего броненосной эскадрой. Старший флагман – это аналог сегодняшней должности командующего флотом.
Самое приятное, что назначение старшим флагманом означало не столько расширение круга обязанностей, сколько повышение денежного содержания. Думается, последнему особенно обрадовалась хозяйственная Амалия Арсеньевна.
В эту кампанию артиллеристов обучали пальбе по щитам, вначале по неподвижным и затем по буксируемым параллельно стреляющему кораблю, и, наконец, самому сложному – на быстро расходящихся контркурсах.
В конце летней кампании 1868 года броненосную эскадру проверила комиссия адмирала Ефима Путятина. Из отзыва комиссии: «Начальник броненосной эскадры вице‑адмирал Бутаков 1‑й глубоко понял назначение и будущую роль вверенных ему судов и не упустил с расчетом и необыкновенным умением воспользоваться всеми находящимися в его руках средствами и каждой минутой времени для приведения как судов броненосной эскадры, так и команд, на них находящихся, к возможному совершенству».
Летом следующего года на Транзундском рейде эскадру посетил император Александр II. Вначале царю показали образцовое маневрирование и выходы кораблей в таранные атаки, затем была показана атака минная. Катера с шестовыми минами стремительно атаковали стоявший на рейде старый списанный фрегат «Филоклет». Катера ткнули минами в борт фрегата, последовал оглушительный взрыв, и от старика «Филоклета» остались лишь щепки. Император был в восторге от увиденного. Одно дело – читать докладные записки, и совсем другое – увидеть все своими глазами.