Но всего этого уже не увидел М. И. Драгомиров. В течение нескольких месяцев он находился на излечении в госпитале в Кишиневе. Рана была настолько серьезной, что Н. И. Пирогов не исключал одно время даже возможность ампутации ноги. Но умелое лечение и хороший уход помогли Драгомирову подняться с постели. Друзья не забывали его. «Поправляйся, — писал ему в госпиталь М. Д. Скобелев, — возвращайся в верующую в тебя армию и в круг твоих боевых товарищей». Однако вернуться в действующую армию Михаилу Ивановичу не пришлось. Закончив лечение, в начале апреля 1877 года он был назначен начальником Академии Генерального штаба. На этом посту М. И. Драгомиров проработал более одиннадцати лет. В это время академия была уже не такой, как в николаевское время, когда, по словам самого Михаила Ивановича, считалось, что «академических офицеров нужно расквартировывать казарменно, прикомандировав к полкам Петербургского гарнизона и подчинив не академическому, а строевому начальству; обязать их нести в полках караульную и строевую службу, а лекции посещать в свободное от занятий время и по вечерам»; в то время в академии не было даже своей библиотеки, а имелся лишь очень маленький набор учебной литературы. Во второй половине XIX века военные академии (которых было пять: Академия Генерального штаба, артиллерийская, инженерная, юридическая и морская) стали выпускать офицеров, достаточно хорошо знающих теорию военного дела и одновременно получивших важные практические навыки управления войсками. Военные академии «имеют целью доставить офицерам высшее образование, соответствующее требованиям того рода службы, к которому они предназначены», — указывалось в положении о военно-учебных заведениях.
Профессор Военной академии генерал Н. Н. Обручев, направленный за границу для ознакомления с постановкой военного образования в других странах, отмечал в своем отчете, что высшие военно-учебные заведения России отнюдь ничем не хуже заграничных. Н. Н. Обручев в молодые годы вместе с Н. Г. Чернышевским редактировал «Военный сборник», а позднее, в 1863 году, вызвал глубокое неудовольствие начальства тем, что отказался участвовать в «братоубийственной войне», как он назвал жестокое подавление национально-освободительного восстания в Польше. Этого Обручеву не простили никогда, несмотря на то, что он со временем добился довольно высоких чинов и должностей. Всем было известно, например, что главнокомандующий Дунайской армии великий князь Николай Николаевич «терпеть его не может и не скрывает», как писал в своем дневнике один из генералов, и все за его отказ участвовать в подавлении польского восстания 1863 года и близость в молодости к Н. Г. Чернышевскому.
Царское правительство при назначении офицеров и генералов на должности далеко не всегда руководствовалось только интересами дела, зачастую убирая в тень, а то и изгоняя из армии способных и опытных военных только из-за сомнений в их «благонадежности». Печальным примером такого рода может служить судьба генерала М. Г. Черняева. Блестяще образованный офицер, во время обороны Севастополя в Крымскую войну он сражался на Малаховом кургане и последним из защитников переехал на лодке на Северную сторону, когда понтонный мост уже был разведен. Осенью 1875 года М. Г. Черняев пытался отправиться во главе отряда на помощь восставшим герцеговинцам, но «высочайше поведено, — читаем мы в документе, — объявить отставному генерал-майору Черняеву, что его величеству не угодно, чтобы генерал Черняев уезжал в Герцеговину и содействовал инсургентам. Генерал-адъютант Потапов, 7 февраля 1876 г.». А. Л. Потапов, шеф жандармов и начальник III отделения, опять же «по высочайшему повелению», учредил секретное наблюдение за М. Г. Черняевым и его корреспонденцией.
Лишь в апреле 1877 года, дождавшись разрешения вернуться в Россию, Черняев через три дня после объявления войны Турции был в Кишиневе. Но правительство в результате происков австрийского военного агента направило генерала не на хорошо ему знакомый Балканский театр, а на Кавказ. Причем и здесь Черняев попал не в действующую армию, а «смотрителем госпиталей».
М. И. Драгомиров также был одно время на подозрении у начальства. Еще в 1868 году рассматривался вопрос, «не следует ли его изъять из службы, так как он своими статьями подрывает дисциплину и развращает молодежь». «Подрыв дисциплины» и «развращение молодежи», по мнению начальства, выражались главным образом в пропаганде передовых для своего времени военно-теоретических мыслей и в требованиях не забывать основных заветов А. В. Суворова.