13 октября в 16.00 «Красный Кавказ» вышел из главной базы с крейсером «Червона Украина» и тремя эсминцами. 14 октября они прибыли в Одессу, чтобы эвакуировать последних её защитников. Находясь на Одесском рейде, крейсер, неоднократно подвергался атакам бомбардировочной и торпедоносной авиации противника, но всякий раз огнем зенитной артиллерии и маневром вынуждал самолеты отказываться от атак или сбрасывать бомбы в море. Утром 16 октября, приняв 1880 человек арьергардных частей, «Красный Кавказ» вместе с другими кораблями и транспортами покинул Одесский рейд и взял курс на Севастополь. В 23.20 он вошел в Севастопольскую бухту и начал выгрузку войск, доставленных из Одессы.
20 октября немецко-фашистские войска прорвались в Крым, возникла угроза главной базе флота. Военный Совет флота решил спешно усилить ПВО ряда портов Кавказского побережья, пригодных для базирования кораблей. «Красный Кавказ» с его широкой палубой, мощными грузовыми стрелами, как нельзя лучше подходил для перевозки техники. Практически корабль в этот период стоял в базах только под погрузкой или разгрузкой, а все остальное время находился в пути.
С 24 октября по 10 декабря крейсер совершил шесть походов, вывозя из Севастополя в порту Кавказа зенитную артиллерию и эвакуируемых жителей. Тремя рейсами (24 и 30 октября и 16 ноября) «Красный Кавказ» доставил в Туапсе 31 зенитное орудие, 34 автомашины и 5429 бойца и командира, а тремя рейсами (9 ноября, 4 и 10 декабря) крейсер доставил в Новороссийск 51 зенитное орудие 23 автомашины и 3500 зенитчиков.
В Севастополь «Красный Кавказ» доставлял пополнение, боеприпасы и продовольствие. Все погрузочные и разгрузочные работы выполнял экипаж корабля.
На переходах в море и при стоянках в базах корабль неоднократно атаковала немецкая авиация. 2 ноября авиация противника совершила массированные налеты на Новороссийск, порт и корабли. Стоя на якоре, «Красный Кавказ» в течение дня более 10 раз открывал огонь по самолетам противника, которые отворачивали и не смогли прицельно бомбить корабль. В этот день серьезные повреждения получил крейсер «Ворошилов», в который попали две бомбы. «Красный Кавказ» получил приказ отбуксировать поврежденный корабль в Поти. В 1.00 3 ноября корабли начали движение со скоростью 3–4 уз. У поврежденного крейсера руль был заклинен в положении 8° на левый борт. Утром 4 ноября на «Ворошилове» сумели исправить руль, буксир был отдан, и поврежденный крейсер пошел самостоятельно. В 13.03 «Красный Кавказ» стал на якорь на Потийском рейде.
12 ноября крейсер пришел в Севастополь и ошвартовался к Угольной пристани. В этот день корабли и город атаковала авиация противника большими силами, впервые против кораблей были брошены пикировщики Ju-87 (ими был потоплен крейсер «Червона Украина», тяжело повреждены эсминцы «Беспощадный» и «Совершенный»). «Красный Кавказ» 12 раз атаковали бомбардировщики группами по 2–3 самолета. Только интенсивный и точный зенитный огонь крейсера, заставлял самолеты сворачивать или сбрасывать бомбы как попало, но несколько бомб упали в 30–70 м от корабля. При отражении атак в этот день он израсходовал 258 100-мм, 684 45-мм снарядов и более 7,5 тыс. патронов 12,7- и 7,62-мм.
Находясь в Севастополе «Красный Кавказ» участвовал в обстрелах позиций противника. Так, 2 декабря крейсер доставил в Севастополь 1000 человек пополнения, 15 вагонов боеприпасов и 10 вагонов консервов. Получив задание обстрелять позиции противника, в ночь на 3 декабря, не отходя от стенки и продолжая выгрузку, «Красный Кавказ» открыл огонь главным калибром по станции Сюрень, затем по пересечению дорог севернее станции Сюрень и села Тиберти. В 14.00 3 декабря началась погрузка техники и войск. Одновременно корабль вел огонь по селу Тиберти и Бахчисараю. Погрузив зенитный дивизион, 750 красноармейцев и 350 эвакуируемых, в 19.30 крейсер отошел от стенки. Следуя вдоль берега, корабль обстрелял скопление войск противника в районе Черкес- Кермен, израсходовав 20 снарядов. Всего 3 декабря, «Красный Кавказ» выпустил по позициям противника 135 180-мм снарядов. 4 декабря он ошвартовался у стенки в Новороссийске.
8 декабря в 23.50 «Красный Кавказ» вошел в Севастополь, доставив пополнение его защитникам. Он ошвартовался у Торговой пристани и до 4.00 9 декабря закончил выгрузку. Затем, крейсер принял очередной дивизион зенитчиков. На корабль прибыл командующий флотом вице-адмирал Ф.С. Октябрьский (по приказанию из Москвы он направлялся в Новороссийск для разработки плана десантной операции в Крым). «Красный Кавказ» отошел от стенки, в охранение его вступил эсминец «Сообразительный». Утром 10 декабря крейсер прибыл в Новороссийск.