Всего за период с 22 июня 1941 г. по 1 мая 1942 г. «Красный Крым» при отражении атак авиации израсходовал 1336 100- мм и 2288 45-мм снарядов.
8 мая противник начал наступление на Севастополь. Главком Северо-Кавказского направления приказал командующему флотом: «…Крейсеру «Красный Крым» после погрузки с двумя эсминцами не позже 10 мая выйти из Новороссийска в Севастополь»…». 11 мая днем крейсер с эсминцами «Дзержинский» и «Незаможник» вышел из Поти и утром 12 мая прибыл в Новороссийск. Приняв пополнение для Приморской армии, они в 20.00 вышли в Севастополь. 13 мая в тумане корабли следовали вдоль Анатолийского побережья, а затем повернули на север, и подошли к входной точке фарватера. В полночь они застопорили машины до улучшения видимости. Только в 19.50 14 мая «Красный Крым» вошел в главную базу, доставив 2000 бойцов и командиров и 80 т боеприпасов. Из-за густого тумана крейсер, как и другие корабли, прибывшие в Севастополь, не мог до 19 мая выйти из бухты. 19–20 мая, крейсер, приняв 473 раненых с эсминцем «Незаможник» перешел из Севастополя в Туапсе, а затем в Поти.
2 июня «Красный Крым», приняв маршевые роты, вооружение, боезапас и продовольствие, в сопровождении эсминцев «Сообразительный» и «Свободный», вышел из Новороссийска и ночью 3 июня прорвался в Севастополь. 4 июня, приняв 275 раненых и 1998 эвакуируемых, в 2.00 корабли вышли из Севастополя и утром 5 июня прибыли в Туапсе.
В 1942 г «Красный Крым» чаще других кораблей эскадры привлекался к перевозкам воинских пополнений и грузов в блокированный Севастополь — с февраля по май он семь раз прорывался в главную базу.
За смелые и решительные действия при высадке десантов в Григорьевку, Феодосию и Судак, за мужество и героизм личного состава, проявленные в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками, 18 июня 1942 г. приказом Наркома ВМФ № 137 экипаж крейсера «Красный Крым» был удостоен гвардейского звания.
22 июня «Красный Крым» перешел из Поти в Туапсе, для очередного похода в Севастополь. Однако командованию флота уже стало ясно, что крейсера не смогут прорываться в осажденный город.
26 июля в день Военно-Морского флота контр-адмирал Н.Е. Басистый вручил кораблю гвардейский флаг. Флаг принял командир корабля капитан 1 ранга А.И. Зубков.
В конце июля 1942 немецкие войска перешли в наступление на Северном Кавказе. Создалась угроза прорыва 17-й немецкой армии к Черному морю в районе Новороссийска. Началась эвакуация города. С 5 по 17 августа, «Красный Крым» совершил четыре рейса, доставляя из Новороссийска в Батуми эвакуируемых и ценные грузы, а в Туапсе части 32-й гвардейской стрелковой дивизии.
В период с 28 августа по 6 октября 1942 крейсер прошел текущий ремонт.
В середине октября 1942 г. войска противника перешли в наступление в районе Туапсе. 21 октября «Красный Крым» с эсминцами «Беспощадный» и «Сообразительный» доставили из Поти в Туапсе 3350 бойцов, 11 орудий и 47 минометов. 2 декабря «Красный Крым» в сопровождении эсминца «Незаможник» доставил из Батуми в Туапсе части 9-й горно-стрелковой дивизии.
«Красный Крым» участвовал в десантной операции в районе Южной Озерейки, в составе отряда прикрытия. Утром 3 февраля 1943 г. отряд вышел из Батуми и двигался на запад, чтобы дезориентировать противника, а затем повернул в район операции. 4 февраля в 2.16 отряд подошел к району высадки и лег на боевой курс. В 2.35 «Красный Крым» открыл огонь по Озерейке. Израсходовав 598 130-мм и 200 100-мм снарядов, в 3.05 корабль прекратил огонь. Закончив обстрел берега, крейсер лег на курс отхода. 5 февраля в 10.50 «Красный Крым» прибыл в Батуми.
В апреле 1944 г. А.И. Зубков был назначен командиром крейсера «Мурманск» преданного США в счет репараций. Командиром «Красного Крыма» становится капитан 1 ранга П.А. Мельников.
С 15 мая по 17 августа 1944 г. крейсер прошел плановый ремонт в Поти. При этом был применен метод неполного докования в 5000-тонном доке. Длина носовой консоли корабля составила 33,6 м, угол дифферента плавдока — 3°. Находившийся в доке крейсер посетил нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов.