В 7.35 24 июня прибыли эсминцы «Артем» и «Володарский». К 8 часам водолазные работы были закончены. На разрушенную часть носового оконечности был надет пластырь. Перед переборкой 61 шп сооружен деревянный барьер для защиты ее от ударов волн. Из бревен, пластыря и парусины был сооружен фальшнос для уменьшения сопротивления. В 9.00 подошло спасательное судно «Нептун» и приняло буксирный трос с кормы крейсера, а буксир «Зарница» — носовой буксирный трос. Из носовых отсеков откачали воду, и корабль сошел с мели. В 9.53 крейсер отдал буксиры и начал движение своим ходом. Весь караван двинулся в путь, головным шел БТЩ-208, за ним строем уступа влево еще три БТЩ, затем «Стерегущий», «Артем», «Володарский», концевыми шли крейсер и спасательное судно.
В 11.58 у банки Лайне головной БТЩ подорвался на магнитной мине и быстро затонул. На нем погибли командир ОВРа, командир дивизиона БТЩ и все документы на переход. После гибели тральщика крейсер отработал назад и развернулся на обратный курс при помощи своих машин. В 14.20 отряд вернулся к острову Вормси. Чтобы крейсер держался в проливе, с него был подан буксир на спасательное судно «Нептун», которое встало на якорь.
Однако оставаться там тоже было нельзя т. к. над кораблями летали вражеские разведчики. В 18.00 при помощи спасательного судна «Максим Горький» начал разворачиваться для выхода из пролива, через 12 мин он отдал буксир и пошел самостоятельно. Крейсер шел не по фарватеру, а вблизи берега по малым глубинам, имея под килем не более 1,5 м воды.
25 июня в 1.50 отряд прибыл на Таллинский рейд. Три буксира повели крейсер в Купеческую гавань, и он ошвартовался у Северного мола.
После тщательного обследования повреждений офицеры техотдела флота подтвердили, что крейсер может идти в Кронштадт. Было решено идти по прибрежному фарватеру. 27 июня в 2.16 крейсер в охранении трех эсминцев и катеров МО вышел за тралами шести БТЩ. На переходе тральщики подсекли 4 мины. Из Нарвского зал. в Лужскую губу отряд прошел через сложный пролив Хайлода, где до войны не проходил ни один крупный корабль. В 18.30 «Максим Горький» пришел на Большой Кронштадтский рейд. С помощью буксира корабль прошел ворота гавани, а в 20.44 был введен в док им. Велещинского.
Выполнять срочные восстановительные работы поручили заводу № 189 (Балтийский завод). Было решено взамен оторванной, построить на стапеле завода новую носовую оконечность, спустить на воду, отбуксировать в Кронштадт и затем соединить ее в доке с корпусом корабля.
До 6 июля в доке была произведена обрезка и зачистка рваных участков обшивки и набора корпуса, определены места пристыковки новой носовой оконечности, произведен ремонт отдельных поврежденных участков корпуса. После этого корабль вывели из дока и поставили к стенке Морского завода.
С 3 по 18 июля на стапеле завода № 189 была изготовлена новая носовая оконечность массой около 150 т. 18 июля ее спустили на воду, а в ночь с 20 на 21 июля отбуксировали в Кронштадт. Стыковка началась 21 июля. Сначала в док завели носовую оконечность, а затем и сам поврежденный крейсер. После откачки воды из дока, отсек подтянули, состыковали и заклепали. 2 августа корабль вывели из дока, а 12-го он вышел на рейд для проверки механизмов, оборудования, размагничивающего устройства и проведения ходовых испытаний. Во время ремонта с крейсера была снята катапульта и 45-мм орудия, а на их месте установили 10 37-мм автоматов. Вместо намеченных трех месяцев для восстановления крейсера понадобилось 43 дня.
18 августа при помощи четырех буксиров крейсер вошел в Лесную гавань и ошвартовался к Угольной стенке. Уже на следующий день его 100-мм орудия открывали огонь по самолетам противника. 24 августа «Максим Горький» перебазировался из Кронштадта в Ленинград. В 18.05 он ошвартовался у Хлебного мола Ленинградского торгового порта и был включен в систему артиллерийской обороны города.
4 сентября артиллерия крейсера впервые открыла огонь по наступающим в районе Белоострова финским войскам. Затем «Максим Горький» участвовал в отражении сентябрьского штурма Ленинграда. С 7 по 17 сентября, в наиболее критические дни напряженных боев, он систематически обстреливал наступавшие вражеские войска в районе Красное Село, Тайцы. Особенно напряженным был день 11 сентября, когда главный калибр выполнил 10 стрельб, выпустив 285 снарядов по наступающим немецким войскам.