Однако в таком авральном режиме военного времени постоянная работа продолжаться не могла. На территории Западной Украины под руководством оперативно-чекистских групп начинают организовываться органы милиции. Как указывалось в спецдонесении В.Н. Меркулов и И.А. Серов от 9.10.1939, для этого «…нами вызвано из Управления милиции УССР 245 человек, которых распределили по пунктам: Львов — 80 чел., Луцк — 60 человек, Тарнополь — 60 человек, Станиславов — 55 человек…», организуются «дружины рабочей гвардии» и налаживается работа милицейского аппарата — уголовного розыска, паспортных отделов и т. д. Интересно, что в спецдонесениях упоминаются формирования «украинской милиции», подразделения которой организовывались на освобожденных территориях. Характерно, что вначале этот процесс осуществлялся не стихийно, а под руководством функционеров местных националистических партий. Впоследствии оперативно-чекистскими группами эти подразделения были разоружены, однако каких-либо столкновений между ними в документах не отмечено не было.
Тем не менее, с октября 1939 года в оперативных материалах НКВД начинают появляться данные о попытках подпольных структур ОУН организовать мятежи в отдельных районах вновь присоединённых западных областей Украины. Например, в сообщениях И.А. Серова на имя Л.П. Берия от 13.10. и 14.10 1939 года сообщалось: «…в начале сентября с. г. поляки оставили до особого распоряжения на запасных пунктах около ст. Золотиево эшелон с вооружением: пулеметами, винтовками и амуницией. При отходе войск эшелон остался и крестьяне селений Алексини, Шпанов, Золотиев и Городок разграбили этот эшелон и оружие спрятали для сопротивления с Советской властью.
Всей подготовкой восстания руководит ОУН. Эта организация агитировала против Советской власти, муссируя слухи, что 17.Х с. г. должны произойти крупные события и будет установлена военная диктатура…»; «…По Луцкой оперативно-чекистской группе члены националистической организации ОУН… проводили беседу по вопросу выборов Народного Собрания и говорили, что «необходимо дать наказ своим представителям, чтобы они на Народном Собрании поставили вопрос об организации «самостійної України»…».
В связи с полученной информацией органы НКВД начинают проводить первые оперативные разработки законспирированной сети ОУН, связанные прежде всего с антисоветской агитацией и срыву выборов в Народное Собрание на Западной Украине. В частности, были произведены аресты активных оуновцев по агентурному делу «Блок», были получены первые данные об организации военизированных подразделений, складов оружия и обучении боевиков. Все это привело к требованию руководства органов внутренних дел активизировать выявление участников националистических организаций на территории Западной Украины. В частности, в соответствующем приказе № 001 353 замнаркома НКВД СССР В.Н. Меркулова от 5.11.1939 г. требовалось: «… Выявить проходящих по действующим и архивным агентурным и следственным материалам участников троцкистских, белоэмигрантских, националистических, террористических и других к.-р. организаций, проживающих на территории Западной Украины и Западной Белоруссии…»