В занятиях естественными науками, хлопотах о постановке на театре разных пьес и в приготовлениях к новому изданию собрания своих сочинений у книгопродавца Котты провел Гёте остаток 1805 и большую часть 1806 года. В октябре 1806 года Веймар был охвачен небывалой тревогой: приближались победоносные французские войска под грозным предводительством Наполеона. 14 октября произошла знаменитая битва при Иене; вечером французы ворвались в Веймар, и начались грабежи и пожары. Из герцогской фамилии оставалась в Веймаре лишь мужественная герцогиня Луиза. В дом Гёте прибыл молодой французский гусарский офицер и объявил, что здесь поместится маршал с несколькими кавалеристами. Этот молодой гусар был фон Тюркгейм, сын Лили. Но Гёте напрасно ожидал маршала до поздней ночи. Когда он уже лег в постель, раздались сильные удары в двери дома: два французских солдата требовали впустить их, угрожая в противном случае выбить окна. Их впустили и дали им вина. Незваные гости пожелали видеть хозяина, и Гёте вышел к ним в халате. Величественная наружность поэта несколько смутила солдат, и они вежливо выпили за его здоровье. Когда Гёте ушел, гости продолжали угощаться и после изрядной выпивки, забыв всякое почтение к хозяину, вломились в его спальню. К счастью, Христиане, не потерявшей присутствия духа, удалось выгнать их с помощью слуг. Утром приехал на постой к Гёте французский генерал, и у дома поставили караул. Наполеон, прибывший 15 октября в Веймар, был встречен герцогиней Луизой, мужеством и благородством характера так расположившей завоевателя в свою пользу, что ради нее он отнесся снисходительно к герцогу, против которого как союзника пруссаков был сильно раздражен.
Эти дни всеобщего беспорядка и смятения Гёте избрал для того, чтобы наконец закончить браком свое семнадцатилетнее сожительство с Христианой. Близость опасности показала ему все неудобство подобного незаконного сожительства, в особенности по отношению к сыну, и 19 октября, в первое воскресенье после Иенской битвы, Гёте и Христиана Вульпиус были обвенчаны в дворцовой церкви.
Веймарцы успокоились от потрясений и бедствий войны сравнительно скоро благодаря тому, что Наполеон пощадил герцогство Веймарское, заставив его лишь примкнуть к Рейнскому союзу, находившемуся под его протекторатом. Таким образом, и Гёте вскоре мог вернуться к своим обычным занятиям.
1807 год начался среди забот о театре. Гёте уговаривали поставить на сцене «Tacco»; поэт долго противился этому, совершенно справедливо считая пьесу не сценичной, но наконец согласился, и пьеса имела, против ожидания, большой успех. Но вскоре веселье должно было уступить место трауру: в апреле умерла любимая всеми герцогиня Амалия. Сильно расстроенный ее смертью Гёте чувствовал себя не совсем хорошо и отправился на воды в Карлсбад, который не раз уже восстанавливал его здоровье. Там он пробыл до осени, мало пользуясь обществом и занимаясь научными и литературными заметками. При возвращении в Веймар почитатели встретили его серенадой, что подало Гёте мысль основать общество пения, или «добровольную капеллу», как он ее называл. Мысль эту вскоре удалось осуществить: образовался небольшой кружок, устраивавший по определенным дням репетиции и концерты хорового пения, на которых присутствовал Гёте, все более и более чувствовавший влечение к музыке. Из литературных произведений Гёте начал в этом году символическую драму «Пандора», написал несколько мелких вещей в стихах и прозе и ряд сонетов. Последние были написаны, по-видимому, под впечатлением кратковременной, но страстной привязанности поэта к Минне Герцлиб, восемнадцатилетней девушке, приемной дочери иенского книгопродавца Фромана. С другой стороны, о притязаниях на роль вдохновительницы этих сонетов объявила также Беттина Брентано (впоследствии баронесса фон Арним), дочь Максимилианы Брентано, которою, как мы знаем, Гёте увлекался в своей молодости. Беттина Брентано была пылкая и чрезвычайно эксцентричная девушка, которая еще почти ребенком заочно влюбилась в Гёте. Посетив Гёте впервые в апреле 1807 года (в Веймаре), она прямо бросилась к нему на шею. Отстраняясь от ее страстных излияний, Гёте относился к ней ласково, как к ребенку; впоследствии он просил ее как жительницу Франкфурта и близкую знакомую его матери писать ему как можно больше о его детстве и юности – все, что она об этом узнает. Но дружба с Беттиной продолжалась недолго: вскоре после своего выхода замуж она поссорилась с женой Гёте, так что в доме поэта ее перестали принимать. Беттина написала целую книгу, в которой доказывала, что Гёте был влюблен в нее и писал для нее сонеты, но критика давно уже признала ненадежность этих доказательств.