Помимо сотрудничества с такими группами, как в Никарагуа, где начиналась вооруженная борьба против диктатуры Сомосы — эти группы позднее образуют Сандинистский национально-освободительный фронт, — Че сосредоточил свое внимание на территории, занимаемой Андами.
В конце 1962 года Че в Гаване провел с перуанскими революционерами, среди которых были Эктор Бехар и поэт Хавьер Эрауд, переговоры по поводу возможности открытия партизанского фронта и поддержки той замечательной работы, которую проводил Уго Бланко в Вальес-де-ла-Конвенсьон. Бланко, руководившего мощным движением, в котором принимали участие кампесинос и индейцы одной из наиболее нищих областей Перу, преследовали власти — он был обвинен в налете на полицейский участок. Мануэль Пиньеро отвечал за организацию действенной операции в поддержку движения.
Было решено, что лучше всего попасть в зону действий партизан можно будет по самому короткому, судя по карте, маршруту через границу с Боливией. Че обратился к Коммунистической партии Боливии (КПБ) с просьбой о поддержке в организации сотрудничества с перуанскими партизанами, и КПБ вскоре устроила сеть опорных пунктов. Луис Тельерья, член центрального комитета БКП, участвовавший в деятельности этой сети, пользовался содействием членов организации молодых коммунистов, таких, как Хулио Сесар "Эль Ньято" Мендес, Орландо Хименес и Лойола Гусман. 9 января 1963 года группа перуанских партизан прибыла в Боливию.
Политические отношения там представляли собой запутанный клубок. Националистическое революционное движение (НРД) Боливии, возглавляемое президентом Виктором Пасом Эстенсоро, находилось в конфликте с военной диктатурой Перу и поэтому закрывало глаза на эту группу, готовящую вооруженную борьбу против соседней страны. Коммунистические партии и движения не желали оказывать никакой поддержки Уго Бланко — согласно их неистребимой сектантской логике, такие, как он, деятели считались троцкистами.
В конце концов, после многократных проволочек и изменений в планах, группа пересекла перуанскую границу вблизи Пуэрто-Малдонадо. Перуанская полиция, заранее получившая предупреждение от некоего доброжелателя, оказала нарушителям границы сопротивление, началась перестрелка, в ходе которой погиб Хавьер Эрауд. Операция была отменена, и перуанцы отступили обратно в Боливию. Хулио Мендес "Эль Ньято" стал для части группы проводником по джунглям Бени.
Видимо, в то же самое время, когда Че принимал меры для поддержки Перуанской национально-освободительной армии в ее попытках развернуть широкую партизанскую войну, он помогал и в разработке акции, которую готовил один из его немногочисленных близких друзей, аргентинский журналист Хорхе Рикардо Масетти. С ним Че обсуждал предварительные наброски плана еще в конце 1961 года. Совместно с Пиньеро и Че Масетти подготовил операцию "Сегундо Сомбра", целью которой была организация очагов партизанской войны в Аргентине. Затем Масетти возвратился в Алжир, где в течение предыдущих двух лет помогал в развитии революционного движения. После того как Че, посетив Алжир, встретился с Масетти, последний взялся за изучение тактики действий партизан в городских условиях. "Мы ожидали, затаив дыхание, в течение четырех с половиной месяцев, — Масетти писал жене в начале 1963 года. — Все время оказалось сожрано изучением товаров". Той весной Масетти и несколько товарищей, снабженные алжирскими дипломатическими паспортами, отправились в Бразилию в качестве членов торговой делегации. Так же, как и перуанские повстанцы, они, воспользовавшись помощью Боливийского движения молодых коммунистов, переправились через границу в Боливию, а в сентябре оказались в Аргентине.
Группа получила название Народной партизанской армии (НПА, ПА). Масетти взял себе псевдоним "Командир Сегундо", в честь гаучо Сегундо Сомбры, главного героя аргентинского народного эпического повествования "Дон Сегундо Сомбра". Че в качестве "почетного члена" ПА выбрал псевдоним "Мартин Фьерро" — по названию поэмы X. Эрнандеса, также превратившейся в народный эпос. В одном из выступлений спустя несколько лет Фидель признал, что участие Че не ограничивалось почетным представительством, что действия ПА были "его" операцией, которой он руководил с Кубы. По мнению нескольких его товарищей, Че планировал присоединиться к партизанам на более поздней стадии. В первоначальный состав группы входили двое кубинцев - капитан Эрмес Пенья, на протяжении нескольких лет бывший личным охранником Че, и Альберто Кастельянос, в прошлом его адъютант и водитель. В числе потенциальных участников группы рассматривался и майор Фернандес Мель, но позднее было решено не привлекать его к операции.
То, что две партизанских кампании, в Перу и Аргентине, развернулись в 1963 году, вовсе не является совпадением. Несомненно, они входили в "Андский проект", разработанный Че.