Неудача не остановила Юстиниана, и он продолжал поиски единой формулы. К концу жизни он убедил себя в правильности крайней формы монофизитсгва арЬШагккЬсеИзт. Основная доктрина этого направления заключалась в том, что тело Христа не подвержено разложению и нечувствительно. В 554 году он издал указ, по которому арЬШаЛобосейБт признавался доктриной православия, и приказал патриархам подписаться под этим указом. Все они отказались, но неминуемая борьба не состоялась из-за смерти императора.
Отвоеванные западные провинции не укрепили империю, но зато истощили, даже слишком, ее ресурсы. Хотя первоначальная победа в Африке в 536 году была быстрой и полной, постоянное беспокойство доставляли мятежи среди римских войск и восстания мавров, продолжавшиеся вплоть до 548 года. Примерно то же произошло и в Италии, когда первоначальный успех Велисария был стремительным и казалось, что завоевание Италии закончено (540 год), но потребовалось еще двенадцать лет тяжелых битв, прежде чем страна была полностью подчинена. За это время она подверглась сильному опустошению. В обоих этих случаях Юстиниан допустил одну и ту же ошибку — он не воспользовался первоначальным успехом Велисария. Он посылал слишком маленькие подкрепления и, что еще хуже, очень мало денег, надеясь на то, что новые провинции будут сами платить за себя. В результате правительство задолжало довольно крупные суммы войскам в Италии и Африке. Моральный дух войск был сломлен, даже не принимая в расчет мятежи и дезертирство. Неудача сопутствовала императору и на востоке, где ему пришлось столкнуться с крайне решительным и агрессивным врагом в лице персидского царя Хосроя. Императору приходилось либо держать большое количество войск на границе для контроля над Хосроем, либо покупать мир путем тяжелой дани. Ему также приходилось иметь дело с постоянными нападениями болгаров и склавинов в Иллирии и Фракии. Западные армии страдали от нехватки людей и денег не столько из-за недостатка ресурсов, сколько из-за неумения императора оценить ситуацию. В 551 году существовала возможность собрать для Нарсеса большую армию и снабдить его достаточным количеством денег для выплаты всей задолженности. Если бы это было сделано на десять лет раньше, возможно, Италия и не была бы разрушена перед ее окончательным присоединением.
Получилось так, что новые завоевания приносили очень маленький доход, а все расходы на усмирение врагов легли на восточные провинции. Оба преторианских префекта, Иоанн Каппадокийский, который находился на этих постах с 531 по 541 гг., а также Петр Барсимкийский, который занимал должность comes sacrarum Iargitionum и преторианского префекта с начала 540 г. и до конца правления Юстиниана, были способными финансистами. Иоанн ввел ряд решительных мер по экономии денежных средств, отменив дорогостоящие cursus publiais, за исключением великого стратегического пути к персидским границам. Введя строгие проверки, он искоренил растраты и служебные злоупотребления, особенно в армии, но ему пришлось прибегать также и не к слишком мудрым мерам, как например, урезать заработную плату восточным limitanei. Кроме того, он увеличил налоги, введя дополнительный земельный налог, так называемый aerikon, который приносил 3000 фунтов золота в год. При таком плачевном финансовом положении отмена suffragia не могла длиться долго. Правительство стало вновь продавать должности. Петр Барсим также фактически установил государственную монополию на шелк, которая приносила огромные доходы, и одновременно свободно продавал другие монополии.
Потери людской силы во время западных завоеваний не были столь значительны. Численность армии, конечно, пришлось увеличить. К концу правления Юстиниана полевая армия насчитывала около 150 000 человек, почти на 50 % больше, чем восточные сот^аЫэ в начале V века. Впрочем, рекрутов поставляли отвоеванные провинции — одна только Африка предоставила пять полков всадников вандалов и подразделения мавров и нумидийцев. Не было недостатка и в добровольцах. Все завоевания Юстиниана осуществлялись за счет армии, набранной в пределах империи. Помимо римских полков, в число которых входили отборные войска исаврийцев и иллирийцев, были и так называемые федеративные войска, состоявшие из иностранных легионов варваров. Задействованы были и союзники варвары, но таких было мало (исключением является последняя кампания против готов).