Она была бессильна помешать гибели своих друзей и торжеству папства, но изворотливая и смелая она скоро принялась за старое. В то время, как собор 536 года изливался в бессильных анафемах, она воспользовалась смертью Агапита, чтобы посадить на римский престол угодного ей папу. В то время, как под влиянием римского» нунция Пелагия рушился, казалось, последний оплот монофизитов в Египте, в священном дворце в Константинополе императрица терпеливо подготовляла восстание гонимой церкви.
В то время, как в Константинополь собирались со всего Востока монофизитские монахи, гонимые православными, Феодора, стремившаяся дать им самое веское доказательство своего к ним расположения, не нашла ничего лучшего, как приютить их в священном дворце.
Дворец Хормидаса, построенный на берегу Мраморного моря, служил жилищем Юстиниану еще в бытность его наследником. Став императором, Юстиниан пожелал сохранить в полной неприкосновенности этот приют своей счастливой молодости и, основательно перестроив его, он включил его в число дворцовых зданий. Этот дворец избрала Феодора для своих друзей, и без труда добилась согласия императора. Юстиниан не прочь был иметь таким образом под наблюдением главных вождей моно-физитского движения.
Дворец превратился, по выражению одного из хроникеров, в монашескую пустынь. В залах понастроили келий, одну из зал превратили в церковь. Для более знаменитых старцев, отличавшихся особенно суровой жизнью, анахоретов и столпников выстроили во дворах и под портиками деревянные хижины, покрытые полотнами, где они могли проводить время в посте и молитве; громадный дом отвели для общежительствующей братии; более пяти тысяч монахов, уроженцев различных стран, говоривших на самых разнообразных языках, нашли здесь приют.
Вскоре, благодаря своей святой жизни, сирийцы приобрели популярность в столице. Сначала византийцы дивились их странностям, потом стали преклоняться перед ними, и даже сторонники Халкедонского собора, очарованные святостью жизни монофизитских монахов, мало-помалу раскаивались в своем заблуждении и возвращались, умиленные добродетелями пустынников, в лоно монофизитской церкви. Пылкая Феодора дневала и ночевала у своих друзей. Чуть ли не каждый день являлась она к старцам, испрашивая их благословения и раздавая им щедрую милостыню. Она даже упросила в конце концов Юстиниана сопровождать ее, и император в свою очередь, восхищенный умом и добродетелями монахов, готов был чтить и защищать их.
Конечно, в виду этого всеобщего энтузиазма, слухи о всевозможных чудесах необыкновенно быстро распространялись по Константинополю и еще более возвышали в глазах жителей монофизитскую общину. Однажды, говорит легенда, когда в церкви-зале толпилось множество желавшего причаститься народа, среди которого находились по обыкновению женщины и дети, вдруг раздался оглушительный треск. Под напором толпы рухнул пол и обрушившиеся своды погребли под собою массу людей. Крики ужаса и боли огласили монастырь. Но Господь не оставлял своих верных слуг. Придя несколько в себя от страха, все присутствующие поднялись из-под обломков здоровые и невредимые, восхваляя Господа, спасшего их от верной смерти. Узнав об этом чуде, император, императрица, весь двор, весь город прониклись еще большим уважением к святым старцам. И сам Юстиниан счел за честь восстановить за собственный счет обрушившееся здание.
В тяжелые годы, последовавшие за собором 536 года, когда вся империя потрясена была гонением на монофизитов, монастырь св. Сергия — под этим именем известен был в стране приют монофизитов — избежал, благодаря покровительству императрицы, наказания и разрушения. Конечно монахи жили в нем отчасти в почетном плену. Для того, чтобы показываться в городе и вне его, они должны были испрашивать на то особенное разрешение правительства — тем не менее монастырь процветал, пока была в живых Феодора. И даже после ее смерти, в память о ней, Юстиниан продолжал покровительствовать монахам.
В то же время у ворот столицы, под покровительством Феодоры, приютилась другая монофизитская община на восточном берегу Золотого Рога. Этот сирийский монастырь выстроен был на земле, пожертвованной Феодорой Зоорасу, и множество монофизитов жили в нем в мире и молитве. Благочестивый Марас разбил рядом с монастырем монофизитское кладбище, и многие выдающиеся представители его партии были похоронены на этой священной земле. Монастырь, превратившийся таким образом в монофизитскую святыню, процветал. Стоявший во главе его монах Иоанн из Месопотамии пользовался большим расположением императрицы и даже императора, который прощал ему его ересь за ревностное миссионерство в языческих странах. В этом надежном убежище собрались мало-помалу все выдающиеся монофизитские деятели и монастырь превратился в центр кипучей деятельности и ревностной пропаганды.