Поскольку Гиммлер все-таки был назначен Имперским комиссаром по укреплению немецкой народности, то Дарре пришлось констатировать, что он проиграл эту «борьбу компетенций». 5 октября 1939 года он направил письмо рейхсфюреру СС, в котором по привычке обращался к нему «мой дорогой Хайни». Дарре сообщал Гиммлеру, что его отстранение от формирования поселений «на Востоке» «стало одним из самых больших разочарований жизни». Кроме этого он укорял Гиммлера за то, что тот «отказался сообщать, что уже две недели происходило с новообразованием немецкого крестьянства на польских территориях». После этого Гиммлер был обязан встретиться с Дарре. Это происходило в присутствии Ламмерса. Рейхсфюрер СС обещал предоставить Дарре определенную власть в деле формирования новых «восточных поселений». Когда несколько недель спустя выяснилось, что Гиммлер отнюдь не собирался выполнять свое обещание, Дарре обратился с письмом к Герману Герингу. В нем он писал: «В вопросе поселений рейхсфюрер СС выжал меня как лимон и выбросил на помойку, он воспользовался всеми моими знаниями, всеми моими талантами, которые он использовал в личных целях и в интересах СС». Однако эти отчаянные жалобы Дарре не могли ничего изменить. Гиммлер не собирался допускать Дарре к «поселенческой политике» на «восточных территориях», которую считал своей исключительной компетенцией.
Гиммлер, одновременно являвшийся рейхсфюрером СС, шефом немецкой полиции и Имперским комиссаром по укреплению немецкой народности, сосредоточил в своих руках все инструменты власти, которые позволяли ему начать радикальнейшее «национальное преобразование» оккупированных территорий. Однако вначале он решил создать на этих территориях карательный аппарат, который бы являлся точной копией системы, сформированной годами ранее в Третьем рейхе. Высшим руководителем СС и полиции области «Восток» Гиммлер поставил Фридриха Вильгельма Крюгера, который должен был стать личным представителем рейхсфюрера СС в генерал-губернаторстве (так стала именоваться часть оккупированной Польши).
Новым в этой организационной схеме было то, что на восточных территориях высшие руководители СС и полиции должны были являться не просто «консультантами глав района», но должны были подчинить себе гражданскую власть. Формально Фридрих Вильгельм Крюгер подчинялся генерал-губернатору Франку. Однако уже в сентябре 1941 года Гиммлер официально разрешил Крюгеру не выполнять распоряжения Франка, касающиеся полицейской деятельности. В данном случае решение должен был принять сам Гиммлер. В других польских областях высшими руководителями СС и полиции были назначены: группенфюрер СС Вильгельм Копе (Вартгау), группенфюрер СС Рихард Хильдебрандт (Западная Пруссия и Данциг). Части территорий Силезии и Восточной Пруссии присоединились к областям «Бреслау» и «Кенигсберг», где высшими руководителями СС и полиции являлись Эрих Бах-Зелевски и Вильгельм Редис.
С самого начала полицейский аппарат, который формировался на оккупированных польских территориях, возник как инструмент террора. Карательные акции предполагались даже за мельчайшие провинности. Массовые аресты и казни должны были в корне задушить польское сопротивление. Эта тактика достигла своего апогея к весне 1940 года, когда частями полиции безопасности было казнено около 3500 польских интеллигентов и 3000 активистов польских партий. Чтобы облегчить осуществление террора и карательных акций, в феврале 1940 года Гиммлер издал специальное «Предписание о борьбе с актами насилия в присоединенных восточных областях». В данном случае полиция получала право незамедлительно приводить в исполнение приговоры, которые выносились полицейскими судами в отношении поляков и евреев. Иначе говоря, было узаконено нерегламентированное насилие.
Несмотря на то что проект этого предписания не встретил понимания у Ламмерса и Геринга, оно все-таки было санкционировано Имперским министерством юстиции. Гиммлер в свою очередь обещал «сдерживать» полицейские суды при вынесении приговоров. Однако эта «сдержанность» продлилась очень недолго. Со временем он заручился поддержкой Мартина Бормана и смог надавить на министерство юстиции. В итоге в декабре 1941 года он добился принятия «специального уголовного права» для поляков и евреев, которое должно было действовать на «восточных территориях». Его исполнение могло быть переложено и на органы юстиции, но те предпочли передать эту деятельность полиции и СС. «Специальное уголовное право» оказалось настолько жестким, что казнь была предусмотрена даже за самые мелкие правонарушения.
Однако не стоит полагать, что Гиммлеру никто не пытался противостоять. В начале 1940 года рейхсфюрер СС подвергся ожесточенной критике со стороны командования вермахта. Недовольство военных в первую очередь вызвали приказы Гиммлера, которые так или иначе касались вермахта. В первую очередь это относилось к массовым убийствам, которые совершали эсэсовцы на территории Польши, а также к «приказу о зачатии», благодаря которому Гиммлер планировал увеличить рождаемость в германских землях.