В своем радиообращении от 18 октября 1944 года Гиммлер говорил не только о создании фольксштурма. Он полунамеками сообщал о предстоящем возникновении еще одной организации: «Если враг захватит наши области, то в них вспыхнет волна немецкого сопротивления. Подобно оборотням презирающие смерть добровольцы будут постоянно вредить неприятелю, разрушая его коммуникации и систему снабжения».
Одна из самых главных проблем возникновения национал-социалистического партизанского движения состояла в том, что создание отрядов было поручено СС, причем тем управлениям, которые никак не были связаны с Ваффен-СС. Более того, «вервольфы» оказались независимыми не только от СД, но даже и от РСХА (Главного управления имперской безопасности). Подобное положение вещей сразу же стало причиной некой напряженности, которая возникла между нацистскими партизанами и эсэсовскими разведчиками. Неудивительно, что Эрнст Кальтенбруннер и Вальтер Шелленберг сделали все возможное, чтобы нейтрализовать эту затею. Контроль над «Вервольфом» получили эсэсовские структуры, выполнявшие чисто полицейские функции. Тот факт, что Гиммлер начал формировать «Вервольф» в сердце Германии под контролем собственных полицейских, еще раз указывал на предназначение «вервольфов» как инструмента акций террора и запугивания.
19 сентября 1944 года руководить формированием отрядов «вервольфов» Гиммлер поручил обергруппенфюреру СС Гансу Прюцману, который был наделен особыми полномочиями. Этот эсэсовский офицер был классическим представителем «новой аристократии». Его отличал острый ум и широкий кругозор. Но эти качества меркли на фоне его непомерного тщеславия и недостаточного внимания к порученным ему делам. На первых стадиях создания партизанского движения он весьма легкомысленно хвастался, что «его организация» кардинально поменяет военное положение Германии. Уже один этот факт говорил о том, что он слабо представлял, с чем ему придется столкнуться. Опыт, накопленный Прюцманом на оккупированной Украине, а также хорошее знание Восточной Пруссии, откуда он был родом, предопределили решение Гиммлера. После того как немцы были изгнаны с территории СССР, а сам Прюцман остался не у дел, рейхсфюрер решил поручить ему создание «Вервольфа». При этом, сохраняя свой полицейский пост в Кенигсберге, он освобождался от каких-либо других поручений и заданий. Строительство партизанского движения из состава СС началось с создания так называемого Бюро Прюцмана, которое располагалось в предместьях Берлина.
Еще одной особенностью зарождавшегося партизанского движения являлось то, что ему отводились функции простых диверсионных групп, которые должны были действовать в пограничных областях Германии. Любой намек на то, что регулярные воинские части не могли защитить границы рейха, мог быть расценен национал-социалистическим руководством как «пораженческие настроения». В итоге сфера деятельности групп «вервольфов» из состава СС ограничивалась некоторыми приграничными территориями, которые могли «случайно» занять вражеские части, имевшие значительный численный перевес. Подобная идеологическая установка не имела ничего общего с реальной картиной боевых действий. В итоге идеология не позволила эсэсовскому руководству подготовиться к 1945 году, когда советские и союзнические войска вступили на территорию Германии.
Задуманные верхушкой СС партизанские части должны были действовать в рамках узких заданий, которые полностью соответствовали концепции Клаузевица — ведение рельсовой войны, планомерные диверсии, обрыв линий связи. Национал-социалистические лидеры наивно надеялись, что подобные меры позволят задержать наступление Красной Армии и союзнических войск. «Вервольфы» должны были также заниматься политическим и экономическим саботажем, совершать убийства антифашистских активистов, распространять пропагандистские материалы, собирать сведения о передвижении вражеских войск, призывать местное население оказывать пассивное сопротивление оккупантам (хотя в последние дни войны «вервольфы» все меньше и меньше были связаны с местными жителями). В одной из статей, опубликованных в газете «Фёлькише беобахтер», действия «вервольфов» сравнивались с «волчьими стаями», группами немецких подводных лодок, которые охотились за конвоями союзников. Как свидетельствуют трофейные документы, попавшие в руки Красной Армии, в конце войны национал-социалистическое руководство несколько пересмотрело свое отношение к партизанскому движению. Теперь «вервольфы» рассматривались как ядро будущего широкого движения сопротивления, в которое должны были вступать не только местные жители, но и военнослужащие из разбитых и окруженных частей вермахта.