Тем временем Генрих Гиммлер пребывал в Баварии, которая считалась (не только по территории) второй землей Германии. 9 марта Имперский министр внутренних дел Фрик назначил Имперским комиссаром Баварии (то есть фактически диктатором) генерал-лейтенанта Франца Риттера фон Эппа. Франц фон Эпп в свое время был создателем одного из самых известных добровольческих корпусов, а затем стал одним из самых именитых национал-социалистов. Поскольку НСДАП еще не обладала полным контролем над страной, чтобы осуществить это назначение, надо было найти удобный повод. Им стало заявление Фрика о том, что якобы консервативное баварское правительство Генриха Хельса не было в состоянии контролировать ситуацию в своей земле. В подтверждение этого баварские СА и СС вышли на улицы, что естественно вызвало массовые беспорядки, в том числе еврейские погромы. Тем же самым вечером фон Эпп назначил местного гауляйтера Адольфа Вагнера баварским министром внутренних дел, а Генриха Гиммлера — исполняющим обязанности начальника мюнхенской полиции. Гейдриху было поручено встать во главе 4-го отдела полицай-президиума, то есть во главе политической полиции, которая в свое время должна была противодействовать радикальным организациям, в том числе НСДАП.
12 марта Генрих Гиммлер в качестве исполняющего обязанности начальника полиции Мюнхена дал пресс-конференцию, на которой озвучил комментарии относительно массовых арестов, которые проходили на протяжении трех дней. Он заявил: «Я полагаю, что арест подозреваемого является чрезвычайной мерой, однако нас вынудили применить ее, так как в городе возникали беспорядки. Таким образом мы обеспечиваем безопасность личностей, которые стали поводом для этих беспорядков. Только так мы можем сохранить их жизнь и здоровье. Мне хотелось бы специально отметить, что для нас граждане иудейского вероисповедания являются такими же гражданами, как и все остальные. Мы не делаем никаких различий». Однако «обходительным» Гиммлер был только на словах. Нельзя отрицать, что в те дни среди евреев не проводилось массовых арестов. Однако буквально за несколько дней за решеткой оказались все заметные деятели Коммунистической партии, «Железного фронта» (военизированная организация социал-демократов) и «Рейхсбаннера» («Черно-красно-золотое знамя» — военизированная организация республиканских демократов).
Неделю спустя после своего назначения Генрих Гиммлер получил еще один пост — Адольф Вагнер сделал его «политическим референтом» в министерстве внутренних дел Баварии. Так Гиммлер фактически получил контроль над всей баварской политической полицией. Именно после этого Гиммлер уже в качестве рейхсфюрера СС обрел возможность назначать членов СС вспомогательными сотрудниками баварской политической полиции. Первоначально таковых было 1020 человек. Когда же 1 апреля Гиммлер был назначен на должность политического командира полиции Баварии, то в его распоряжении оказалась политическая полиция, вспомогательная политическая полиция и создаваемые на территории Баварии концентрационные лагеря. Десять дней спустя Гиммлер «уступил» должность начальника полиции Мюнхена обергруппенфюреру СА Августу Шнайдхуберу — теперь именно он должен был взять на себя ответственность за все аресты «подозреваемых».
Результатом этой серии назначений и передачи должностей стало то, что Генрих Гиммлер в кратчайшие сроки смог сосредоточить в своих руках немалую власть. Он не только руководил полицией, но и мог организовывать ее деятельность на свой манер, для чего он предпочитал привлекать своих эсэсовских подчиненных. Однако больше всего ему пришлась по вкусу должность политического командира полиции Баварии, которая позволяла противостоять «специальным комиссарам», которые назначались Эрнстом Рёмом из рядов СА. В данном случае они пытались использовать в качестве вспомогательной полиции именно штурмовиков, что, естественно, не устраивало Гиммлера.