Одним итз сложнейших противоречий в эволюционных исследованиях является, с одной стороны, несомненность механизма мутаций, вроде бы движущих эволюцию, а с другой – его недостаточность, невозможность или временное неумение с его помощью объяснить ту же эволюцию. Мутации появляются постоянно в ходе процессов, происходящих в живой клетке, но существуют и внешние факторы: вредные вещества, микроорганизмы, жесткое электромагнитное излучение, продукты радиоактивного распада и т.д., в том числе естественный радиационный фон. Достаточная вероятность мутаций не удивительна, потому что геном высших организмов, в частности, человека, огромен - включает несколько миллиардов пар нуклеотидов, а интуитивно понятно, что чем сложнее «устройство», тем больше вероятность того, что в нем что-нибудь сломается, а чем больше «мишень», тем проще в нее попасть. В ряде случаев мутация, как выше писалось, может случайно привести к появлению у организма новых полезных признаков, и тогда последствия мутации оказываются положительными. Именно таким образом мутации должны быть двигателем эволюции. Несомненность вывода - в экспериментальном подтверждении существования механизма мутаций и в отсутствии признаков существования каких-либо иных механизмов. Однако, с точки зрения эволюции представляют интерес только мутации, которые приводят к измененим, передаваемым по наследству, но они чрезвычайно редки не только потому, что естественный темп появления мутаций недостаточен, но главное, бóльшая часть этих событий безразлична для организма, потому что происходит в несущественных для наследования частях ДНК. Более того, большинство мутаций имеют пагубные последствия для жизнеспособности - это летальные мутации и мутантный организм погибает. В случайном мутагенезе частота таких мутаций превышает частоту благоприятных мутаций на 4–5 порядков. Следовательно, только в очень редких случаях мутация может привести к появлению у организма новых полезных признаков. Видимо этим объясняется, что ни в одном эксперименте мутации не вызвали появления выраженного полезного наследуемого признака [23], не говоря уж о том, что ни одна из искусственно индуцированных мутаций не была видообразующей, т.е подтверждающей мутационый механизм макроэволюции. Но даже если допустить, несмотря на многочисленность проведенных экспериментов, что исследователям до сих пор просто не везло – ведь СТЭ меньше ста лет – простой расчет показывает, что для такого механизма эволюции не хватает всего времени существования Земли. Не говоря уж о том, что многие изменения в организме требовали одновременного и согласованного влияния нескольких благоприятных мутаций, что уж совсем невероятно в рамках стохастической теории, т.е. предполагающей случайный характер мутаций! Есть и ряд менее значительных сложностей: например, для вывода о результате мутации требуется время, сравнимое с продолжительностью целой жизни организма. Поэтому исследователи вынуждены использовать только организмы с очень коротким жизненным циклом. К числу таких организмов относяся бактерии - за год меняется 100 000 поколений, и знаменитая плодовая мушка дрозофила (жизненный цикл – примерно 10 дней) – основной объект для исследований мутаций.