В лагерях для военнопленных, а порой и прямо на передовой, из числа перешедших на сторону вермахта солдат Красной Армии отбирались кандидаты для заброски на парашютах вглубь советской территории для сбора информации, политического «разложения населения» и совершения диверсий. Сотрудники спецслужб, непосредственно занимавшиеся вербовкой агентов, отмечали, что во всех случаях они имели дело лишь с теми бывшими военнослужащими РККА, кто выражал добровольное согласие на сотрудничество. Вполне логично, ведь заброшенный через линию фронта агент оказывался один на один со своим заданием, и никаких рычагов контроля над ним у немцев не существовало. Конечно, процент тех, кто давал «добро», а после выброски тут же сдавался советским войскам, среди бывших военнопленных был весьма велик, и немцы, прекрасно это осознавая, из-за желания поскорее добиться хоть каких-то успехов были вынуждены мириться с существующим положением дел.
Отобранные в лагерях для военнопленных лица, получавшие «на выходе» новые имена, проходили первоначальную проверку, после чего переводились в специальные тренировочные лагеря, где сдавали необходимые «вступительные» экзамены. В случае успеха будущим агентам выдавалась униформа вермахта, по своему статусу они приравнивались к обычным немецким солдатам со всеми преимуществами: хорошим питанием, чистой одеждой и комфортным помещением для жилья, увольнением в город в гражданской одежде и даже поездками по Германии, совершавшимися для ознакомления с уровнем жизни в Германии, который обучавшиеся могли бы сравнить с советскими условиями.
Преподаватели тем временем изучали мотивы согласившихся на сотрудничество людей. Пошли ли они на подобный шаг лишь для того, чтобы улучшить свои условия жизни, или по глубоким политическим соображениям. После психологической и пропагандистской подготовки будущие агенты проходили курс специального обучения в соответствии с их будущей специализацией и задачами. Общим для всех было обучение радиоделу, чему уделялось особое внимание.
Для переброски через линию фронта Геринг выделил и СД, и абверу, работавшим на начальном этапе параллельно и часто конкурировавшим за ресурсы, одну эскадрилью. Этого оказалось мало, ни Шелленберг, ни Канарис были не в состоянии забросить всех подготовленных ими агентов за линию фронта, но большего от рейхсмаршала получить не удалось.
Тем не менее, операция «Цеппелин» набирала обороты и уже к лету 1942 года стала осуществляться в широких масштабах, как на то и рассчитывали ее авторы. Ставка на массовость принесла свои плоды. Помимо отбора в лагерях для военнопленных добровольцев для действий в советском тылу, СД выискивало среди бывших солдат Красной Армии и просто хороших специалистов, оказавшихся призванными на службу — инженеров, электротехников, химиков, металлургов и многих других. Они переводились на военные заводы и оказывали посильную помощь оборонной промышленности рейха. Жили специалисты в частных квартирах, носили гражданскую одежду, но находились под пристальным наблюдением спецслужб. Такой побочный, но ценный эффект от операции.
Собственно подрывная деятельность осуществлялась четырьмя зондеркомандами, формировавшимися из выпускников разведывательно-диверсионных школ «Цеппелина», располагавшихся изначально в местечке Яблонна (под Варшавой), в Евпатории и Осипенко, в местечке Освитц (близ Бреславля), а также под Псковом, недалеко от деревни Печки. В дальнейшем сеть подобных школ непрестанно расширялась. Совершенствовалась и система подготовки агентов с учетом вскрывавшихся слабых мест.
Задача зондеркоманд заключалась в заброске агентуры не в прифронтовую зону, а в глубокий советский тыл и советские же партизанские отряды, действовавшие в немецком тылу. По данным на середину августа 1942 года только в трех тренировочных лагерях одной из команд на южном направлении подготовку и проверку проходило более 2 тысяч будущих диверсантов. Всего же к концу 1942 года во всех школах «Цеппелина» обучалось свыше 10 тысяч человек. Масштабы работы немецких спецслужб увеличивались. Так в 1943 году масштабы заброски агентуры в советский тыл возросли по с равнению с 1942 годом в полтора раза.
Развивалось и другое направление деятельности немецких спецслужб — работа в национальных республиках. В задачи «национальных» агентов СД и абвера, являвшихся коренными жителями того или иного региона, входило создание у себя дома националистических формирований для осуществления подрывной деятельности против властей, подогревания соответствующих настроений среди представителей своих народов, сбор информации и совершение диверсий. Так, подобные группы были заброшены на территорию Казахской ССР, где опираясь на помощь местных националистически настроенных кругов, планировали развернуть агитацию среди населения за отделение Казахстана от Советского Союза и образование самостоятельного государства под протекторатом Германии.