Моро занимал очень выгодную позицию между реками Изар и Инн. Она представляла собой плоскую лесистую возвышенность, простиравшуюся от Мюнхена до Вассербурга и понижавшуюся к Дунаю. В этом месте она разделялась многочисленными оврагами, частично поросшими деревьями, либо густыми кустарниками, либо переходящими в заболоченные низины. Таким образом, подступы к этой позиции со всех сторон представляли собой естественные препятствия. Из Мюнхена, где находилась штаб-квартира Моро, на восток, к реке Инн, вели две дороги: одна шла прямо на Вассербург через Эберсберг; другая — левее, через Гогенлинден (в современной транскрипции Хоэнлинден), Хаац Ампфинг и Мюльдорф. Обе дороги пролегали через мрачный пихтовый лес, окаймлявший это возвышенное плато. Остальные дороги на данном участке были очень узкими и предназначались в основном для вывоза леса.
Юный австрийский эрцгерцог Иоанн, сменивший Края на посту главнокомандующего австрийской армии, был полон свежих идей и не желал предпринимать фронтальную атаку столь выгодной позиции Моро, а хотел обойти ее с фланга через мосты в Мюльдорфе, Эринге и Бранау. Оставив двадцатитысячный корпус, состоящий в основном из баварцев, вюртем-буржцев и французских эмигрантов принца Конде, защищать подступы к реке Инн, он с основной армией в 60 000 человек полагал предпринять наступательное движение по довольно болотистой местности. Целью Иоанна было осуществить сложный обходной маневр через города Фельден, Ноймаркт и Вильсбибург и выйти на рубеж реки Изар в Ландсхуте. Затем, по долине, поднявшись вверх по течению до Фрайзинга и миновав цепь холмов в районе Дахау, ударить на Мюнхен или западнее столицы Баварии, угрожая перерезать главную линию коммуникаций армии Моро. Подобный маневр, если бы он удался, заставил бы Моро оставить район междуречья Инн — Изар и срочно передислоцироваться на другой рубеж — реку Лех, сдав Мюнхен австрийцам. Однако для реализации столь масштабной стратегической операции необходимо было тщательно рассчитать средства для ее выполнения и, начав ее, суметь преодолеть возможные угрозы — труднопроходимые участки местности, отсутствие дорог, пригодных для движения многотысячной армии, неудачно выбранное время года (зима), и самое главное — одолеть противника, который, по мнению австрийцев, хоть и слыл медлительным и осторожным, тем не менее был опытнее, умнее, решительнее и, что самое главное, не позволил бы просто так обвести себя вокруг пальца.
Войска обеих наций снялись с позиций 26 и 27 ноября (5 и 6 фримера IX года), и 28 ноября начались военные действия. Австрийский генерал Кленау на Дунае противостоял небольшому корпусу Ожеро и, кроме того, пытался оттянуть на себя силы французского генерала Сен-Сюзанна, командующего IV корпусом армии Моро. Занятые наблюдением друг за другом, они находились далеко от вероятного театра военных действий и предстоящего генерального сражения: Сен-Сюзанн — в районе Инголыитадта, а Кленау — у Ратисбона (Регенсбург).
Моро, тщательно изучивший тактические преимущества своей позиции на плоской возвышенности, неохотно расставался с ней и лишь скрепя сердце начал готовиться к наступлению, тем более что погода стояла холодная и сырая.
А между тем его противник, горя желанием отличиться и показать себя вторым Бонапартом, двинул свои войска тоже вперед. В пылу юношеской самоуверенности он добровольно отказался от преимуществ занимаемой им очень сильной оборонительной позиции.
Моро приказал своему левому крылу численностью 26 000 человек под командованием генерала Гренье занять позицию вдоль большой дороги, ведущей из Мюнхена в Мюльдорф через Гогенлинден, Хааг и Ампфинг, а также на склонах той части плато, которая простирается между двумя реками. Центр, под его личным командованием, численностью свыше 30 000 человек (на самом деле 35 000, включая польскую дивизию Княжевича, влившуюся в корпус генерала Декана, и резервный артиллерийский парк) оседлал прямую дорогу из Мюнхена в Вассербург, проходящую через Эберсберг. Правое крыло под командованием генерала Лекурба, численностью 26 000 человек заняло позиции вдоль верхнего течения Инна, в районе Розенхайма, причем одна дивизия была отряжена для наблюдения за Тиролем. Таким образом, у Моро под рукой были его левое крыло и центр, то есть около 60 000 человек.
Он привел свою армию в движение, чтобы провести разведку боем на всем протяжении участка от Розенхайма до Мюльдорфа и с целью заставить противника дезавуировать свои намерения. «Моро, который не умел, как генерал Бонапарт, разгадывать планы своего противника, — пишет Адольф Тьер, — или навязывать свои собственные, перехватывая инициативу, вынужден был осторожно прощупывать своего оппонента, чтобы выяснить его намерения». Моро наступал всегда с большой оглядкой, но если его заставали врасплох, он с достоинством и величайшим спокойствием всегда находил выход из создавшейся ситуации.