К 25 апреля 1800 г. численность армии Моро была доведена почти до 140 000 человек. Правым крылом командовал генерал Лекурб. В его корпус, фактической численностью 31 797 человек, входили дивизии Вандамма, Монришара, Лоржа, Нансути и артиллерийский парк. Центром командовал дивизионный генерал Гувьон Сен-Сир. Его корпус, численностью 26 356 строевых, имел в своем составе дивизии Бараге д'Илье, Тарро, Нея, Саюка и артиллерийский парк. В левое крыло, численностью 20 624 человека, под командованием Сен-Сюзана входили дивизии Коло, Суама, Леграна, Делаборда и артиллерийский парк. И, наконец, под собственным командованием Моро имелись дивизии Дельма, Леклерка, Ришпанса и одна кавалерийская дивизия. В сумме 29 400 человек. Кроме того, с учетом контингента крепостей и укрепленных пунктов, а также так называемого Гельветического обсервационного корпуса, численность армии Моро составляла 137 619 человек, включая 137 батальонов пехоты и 143 кавалерийских эскадрона.
Начальные операции должны были задержать растянутые силы барона фон Края ложной демонстрацией наступления на Шварцвальд силами одного корпуса. Одновременно остальная часть армии должна была обрушиться на австрийский тыл через Шаффхаузен и захватить его склады в Штокахе, Энгене, Месскирхе и Биберахе. При успехе этих начальных операций Моро должен был выделить корпус под командованием генерала Лекурба, для того чтобы удержать Швейцарию, соединить германский и итальянский фронты и в любых последующих операциях действовать совместно с Резервной армией. Тем временем Массена должен был удерживать внимание Меласа в области Генуи. По своему замыслу это, безусловно, был наполеоновский план. «Наведение четырех мостов одновременно в такой высокой точке на Рейне, как Шаффхаузен, даст возможность всей французской армии переправиться за одни сутки. После прибытия в Штоках французы обойдут левый фланг неприятеля, и их армия сможет атаковать с тыла все австрийские войска, дислоцированные на правом берегу Рейна среди дефиле Шварцвальда. В течение 6—7 дней после начала кампании армия подойдет к Ульму Уцелевшие австрийцы будут отброшены назад в Богемию»
Наполеон направил генерала Массену принять командование Итальянской армией и по этому поводу издал общий приказ, который существенно укрепил моральный дух войск. Массена пользовался заслуженным авторитетом в солдатской среде; и после его прибытия в Геную даже дезертиры начали возвращаться под знамена своих полков. Одновременно Бонапарт приказывает генералу Моро, как мы уже упоминали, принять командование двумя корпусами, дислоцированными в долине Дуная и в Швейцарии, и сформировать из них так называемую Рейнскую армию. И, наконец, Резервная армия должна была сосредоточиться в районе Дижона, заняв тем самым центральное положение, при котором как Массена, так и Моро могли быть поддержаны и усилены в зависимости от сложившейся обстановки, что послужило бы основой для достижения главной цели — успеха операции в целом.
К этому времени Бонапарт совместно с Карно разработал самый смелый и самый искусный план всех военных кампаний. А так как выполнение последнего зависело и от самого Наполеона, то план оказался на редкость удачным.
Вторая Итальянская кампания началась.
Бурьен вспоминает: «Поставив Моро во главе 150 000 армии, без сомнения самой многочисленной и наиболее дисциплинированной армии республики, Бонапарт превозмог в себе чувство личной зависти. Репутация этого генерала была почти равна его собственной, а боевые успехи доказали незаурядные полководческие таланты Моро. Первый консул думал только об одном — как наилучшим образом добиться целей совместной кампании.