Внутренние дела государства требовали особенного внимания. Более всего поражало отсутствие правосудия. Государыня по этому поводу выражалась энергично: «Лихоимство возросло до такой степени, что едва ли есть самое малое место правительства, в котором бы суд без заражения сей язвы отправлялся; ищет ли кто место – платит; защищается ли кто от клеветы – обороняется деньгами; клевещет ли кто на кого – все хитрые происки свои подкрепляет дарами».
Особенно поражена была Екатерина II, узнав, что в пределах Новгородской губернии брали с крестьян деньгами за приведение их к присяге на верность императрицы. Такое положение правосудия заставило ее созвать в 1766 году комиссию для издания Уложения. Этой комиссии она вручила свой «Наказ», которым комиссия должна была руководствоваться при составлении Уложения. «Наказ» был составлен на основании идей Монтескье и Беккарии.
Дела польские, возникшая русско-турецкая война 1768–1774 годов и внутренние смуты приостановили законодательную деятельность императрицы до 1775 года. Польские дела вызвали раздел и падение Польши.
Русско-турецкая война кончилась Кючук-Кайнарджийским миром, который был ратифицирован в 1775 году. По этому миру Порта признала независимость крымских и буджакских татар; уступила России Азов, Керчь, Еникале и Кинбурн; открыла русским кораблям свободный ход из Черного моря в Средиземное; даровала прощение христианам, принявшим участие в войне; допустила ходатайство России по делам молдавским.
Во время русско-турецкой войны в 1771 году в Москве свирепствовала чума, вызвавшая Чумный бунт. От этой чумы погибло 130 тысяч человек.
Портрет цесаревича Петра Федоровича и великой княгини Екатерины Алексеевны. Художник Георг Христоф Гроот. 1740-е
На востоке России разгорелся еще более опасный бунт, известный под названием Пугачевщины. Пугачевский мятеж подняли яицкие казаки, недовольные переменами в их казацком быту. В 1773 году донской казак Емельян Пугачев принял имя Петра III и поднял знамя бунта. Екатерина II поручила усмирение мятежа Бибикову, который сразу понял сущность дела. Важен не Пугачев, сказал он, важно общее неудовольствие. К яицким казакам и к бунтовавшим крестьянам присоединились башкиры, калмыки, киргизы. Бибиков, распоряжаясь из Казани, двинул со всех сторон отряды в места более опасные. Князь Голицын освободил Оренбург, Михельсон – Уфу, Мансуров – Яицкий городок. В начале 1774 года бунт стал утихать, но Бибиков умер от изнеможения, и мятеж разгорелся вновь. Пугачев овладел Казанью и перебросился на правый берег Волги. Место Бибикова занял граф П. Панин, но не заменил его. Михельсон разбил Пугачева под Арзамасом и загородил ему путь к Москве. Пугачев бросился на юг, взял Пензу, Петровск, Саратов и везде вешал дворян. Из Саратова он двинулся к Царицыну, но был отбит и под Черным Яром снова разбит Михельсоном. Когда к войску прибыл Суворов, самозванец чуть держался и был вскоре выдан своими сообщниками. В январе 1775 года Пугачев был казнен в Москве.
С 1775 года возобновилась законодательная деятельность Екатерины II, вполне, впрочем, и перед тем не прекращавшаяся. Так, в 1768 году упразднены были коммерческий и дворянский банки и учрежден так называемый ассигнационный, или разменный, банк. В 1775 году прекращено было существование Запорожской Сечи, и без того клонившейся к падению. В том же 1775 году начато преобразование провинциального управления. Издано было учреждение для управления губерний, которое вводилось целые двадцать лет: в 1775 году оно началось с Тверской губернии и кончилось в 1796 году учреждением Виленской губернии. Таким образом, реформа провинциального управления, начатая Петром Великим, была выведена Екатериной II из хаотического состояния и закончена.
В 1776 году государыня повелела в прошениях слово «раб» заменить словом «верноподданный».