Пражский университет, или Карлов университет (Carolinum), располагавшийся в Старом городе, был основан в 1348 году королем Германии и Богемии, а с 1355 года императором Священной Римской империи Карлом IV Люксембургским, который провел юность во Франции и создавал новый университет по образцу парижской Сорбонны. Карл IV отнюдь не был склонен слепо копировать иностранные образцы. Невзирая на годы, проведённые во Франции и Италии, он любил родную Чехию, знал чешский язык и желал остаться в веках благодетелем своего народа. Благодаря этому правителю Прага стала примерно такой, какой мы её сейчас знаем: именно он приказал построить широкий и красивый Карлов мост через Влтаву (статуя императора воздвигнута у входа на мост со стороны Старого города), архитектурно обустроил верхнюю крепость — Пражский Град, заложил Новый город. Все эти начинания привлекли в Прагу большое количество архитекторов, художников, мастеровых всех профессий, торговцев. Так что основание Пражского университета было лишь одним из благих деяний просвещённого короля-императора.
Занятия велись в комплексе зданий, выкупленных ещё Карлом IV и его наследниками в Старом городе. В настоящее время туристам непременно показывают готический эркер часовни XV века, украшенный гротескными фигурами — этот эркер смотрит на боковой фасад Театра Сословий, в котором в 1787 году состоялась премьера «Дон Жуана» Моцарта (во времена юности Глюка этот театр ещё не существовал). Рядом с эркером — окна Актового зала Карлова университета. Здесь Глюк, безусловно, неоднократно присутствовал на различных торжественных собраниях. В 1654 году Карлов университет был объединён с другим учебным заведением, Клементинским колледжем, и получил в своё распоряжение комплекс новых зданий. В первой трети XVIII века многие старые помещения разросшегося университета были перестроены, украшены и преобразованы в стиле барокко. Но дух готической старины остался жить в суровых, плавных и величавых ритмах сводов, окон и ступеней лестниц исторической части Каролинума.
Похоже, что Глюк пробыл на студенческой скамье не очень долго. В университетских анналах его имя более ни разу не упоминается. Сам он про годы учения никому не рассказывал, и никто из однокашников не оставил воспоминаний о своём общении со странноватым сыном лесника, который больше всего в жизни любил музыку и вместо корпения над учебниками играл на любых инструментах, попадавших в его сильные крестьянские руки. Статус студента позволил ему «зацепиться» в Праге, но заработок могла принести только музыка. Прага изобиловала музыкантами всех уровней и специальностей. Лучшие из профессионалов служили в церквях, монастырях, княжеских и графских капеллах, играли и пели в театре. Другие давали уроки детям знати и богатых горожан (не разбираться в музыке и не владеть каким-либо инструментом в XVIII веке считалось неприличным). Менее образованные или менее удачливые играли на улицах, в трактирах, в частных домах на семейных праздниках.
Для того чтобы стать композитором, нужно было основательно учиться. На данном этапе Глюк себе этого позволить не мог. Хотя мы почти ничего не знаем о начале его музыкантской карьеры, можно с уверенностью утверждать, что выделиться среди множества молодых пражских музыкантов ему позволили не первые сочинения (если таковые и существовали, то они канули в Лету), а навыки искусного инструменталиста — скрипача и виолончелиста. Скорее всего, он продолжал подрабатывать и пением в церковном хоре, а может быть, помогал тому или иному органисту.
Иногда в связи с пражским периодом юности Глюка в качестве его предполагаемого учителя всплывает имя выдающегося чешского композитора и педагога Богуслава Матея Черногорского (1684–1742). Черногорский, сверстник Баха и Генделя (те были на год младше), в 1702 году закончил Карлов университет, а затем стал монахом-францисканцем, одновременно занимаясь композицией, игрой на органе и преподаванием теории музыки. Однако биография Черногорского складывалась зигзагообразно: из-за конфликта с монастырским начальством он в 1710 году самовольно уехал в Италию и вдогонку получил указ о своём изгнании; через десять лет был прощён и смог вернуться на родину, но второй раз пробыл в Праге лишь до 1727 года. После очередного конфликта францисканский капитул сослал его в маленький городок на юго-западе Чехии. Прослужив там несколько лет, в 1731 году непокорный монах-музыкант вновь уехал в Италию — а именно, в Падую, где получил должность органиста; умер же он в австрийском городе Граце. Как нетрудно понять, в Праге этот неординарный человек с Глюком пересечься не мог, и их гипотетические занятия композицией — один из мифов популярной «глюкианы». Но нельзя исключать того, что они общались в Италии.