Применение подводных обитаемых аппаратов позволило по-новому взглянуть на природу озера, проследить развитие этого мощного тектонического разлома посреди континента, постоянно находящегося в движении и медленно раздвигающегося в поперечном направлении. Ученые впервые смогли сами взглянуть на обнажения горных пород на дне, провести прямые палеолимнологические исследования с прицельным отбором геологических и биологических образцов, с видео– и фотосъемкой, с гидрофизическими, гидрохимическими измерениями и т. д. И вот спустя 17 лет в изучении подводного мира Байкала приняли участие глубоководные обитаемые аппараты нового поколения «Мир-1» и «Мир-2». И дело не только в их глубине погружения (6000 метров), но и в том, что благодаря своему хорошему техническому оснащению они давали возможность проводить научные работы на качественно другом уровне, позволяющем обнаруживать и изучать аномальные явления на дне с обеспечением точной навигационной привязки. Кроме того, и ученые, и пилоты аппаратов прошли уже большую школу комплексных глубоководных исследований в пучинах океана.
Но до того, как начать погружения аппаратов на Байкале, необходимо было проделать большую работу по оборудованию плавучей базы, на которой «Миры» должны были находиться и с которой должны были производить работы: спускаться на воду, а после погружения подниматься на борт. Для этих целей была переоборудована речная баржа, которая была соответствующим образом забалластирована, на ее палубе были оборудованы платформы и съемные ангары для размещения «Миров». На палубу был помещен 100-тонный автокран. В небольших помещениях, имевшихся на палубе баржи и под ней, были оборудованы Лаборатории навигации, связи, фотолаборатория, механическая мастерская и т. д. Все это было сделано в очень короткие сроки, ибо уже в июне 2008 года состоялись первые погружения. Претерпели некоторые изменения и аппараты «Мир», так как для корректировки их плавучести под пресную воду необходимо было добавить синтактика, а также заменить или снять тяжелое оборудование. Все это было сделано также в сжатые сроки, и плавучесть аппаратов осталась на том же уровне, что и в морской воде.
Основным направлением наших работ на Байкале стал поиск областей разгрузки углеводородов на дне, мест сочения метана и возможных гидротермальных излияний, вокруг которых часто образуются бактериальные маты и поселяются специфические животные, существующие за счет метанотрофии и хемосинтеза. Во время экспедиций 2008–2010 годов было совершено 178 погружений на «Мирах», главным образом в средней и южной частях озера. В 2010 году несколько погружений сделали и в северной части Байкала – в бухте Фролиха. В 2008 году в первой экспедиции мы работали на 14 полигонах, погружались 53 раза и провели под водой более 300 часов, 192 из которых – на грунте. Один из важнейших результатов того периода – локализация зон глубинных нефте– и газосодержащих флюидов на дне озера и определение интенсивности их разгрузки.