«Субординация божественных персон» — это не единственная причина, по которой Ориген оказался в немилости. Другим его учением, осужденным последующими поколениями, явился так называемый «универсализм» — доктрина о том, что все души могут быть спасены (по крайней мере потенциально), даже находящиеся в аду. Он приводит цитату из 1-го Послания Коринфянам (15:28): «Когда же все покорит ему, тогда и сам Сын покорится покорившему все ему, да будет Бог все во всем». Ориген комментирует эти слова следующим образом: «Точно так же, как в словах о том, что Сын покорится Отцу, содержится мысль о совершенном восстановлении в своем существе каждого творения, так и слова о том, что в свой черед его враги покорятся Сыну Бога, должны дать понять нам, что тут будет иметь место и спасение этих покорившихся и восстановление в своем существе тех, кто пропал», то есть проклятых.
Всеобщее спасение возникает из представлений Оригена о божественном взыскании, в большей степени подразумевающем исправление, чем наказание или кару: «И будет так, что некоторые сразу, другие позднее, третьи даже в последние времена посредством прохождения все более строгих наказаний большой продолжительности, растягивающихся, может быть, на многие века, через эти очень суровые методы исправления обновляются и восстанавливаются в своей сущности». Для Оригена допустимо даже искупление дьявола.
Для церковников более удобна идея об «озере огненном и серном», где грешники «будут мучиться день и ночь во веки веков» (Откр 20:10). Милостивый взгляд Оригена на Страшный суд нельзя было терпеть. Это обстоятельство тоже сработало против него. Окончательный удар по Оригену связан с его интерпретацией Писания. Из всех Отцов Церкви Ориген был меньше всего привязан к идее о том, что текст Библии — истина в буквальном смысле. Возможно, увечье, нанесенное Оригеном самому себе в молодости вследствие слишком буквально воспринятых слов Христа о «скопцах, которые сделали себя скопцами для Царства Небесного», заставило его осторожно относиться к восприятию текста Священного Писания. В любом случае его компендиумные комментарии Библии в значительной степени представляли собой усилия по расшифровке ее аллегорического и символического смысла. Ориген не изобрел этот подход, им пользовался еще Филон Александрийский, еврейский философ, живший примерно в то же самое время, что и Христос, — но Ориген применил его настолько масштабно, насколько этого не делал ни один теолог ни до него, ни после.
Ориген утверждал, что Писание имеет три уровня смысла, соответствующие телу, душе и духу, — трехчастному разделению человеческой сущности согласно эзотерической доктрине. Он даже отрицал, что Писание могло быть полностью истинным на уровне буквального понимания:
«Ныне какой же умный человек поверит, что в первый и второй, и третий день и вечер, и утро существовали без солнца и луны, и звезд? И что в первый день, если мы можем так назвать его, даже не было неба? И кто настолько слабоумен, чтобы полагать, что на манер земледельца «насадил Господь Бог рай в Едеме на востоке» и произрастил в нем видимое и осязаемое «дерево жизни» — такого рода, что каждый, кто попробовал бы его фрукт своими телесными зубами, обрел бы жизнь, и также что можно было вкусить от дерева «познания добра и зла» — буквально прожевав фрукт, сорванный с дерева с соответствующим названием? И когда говорится, что Адам, услышав голос Бога, «ходящего в раю во время прохлады», скрылся между деревьями, я не думаю, что кто-то усомнится в том, что это фигуральные выражения, которые указывают на определенные мистерии посредством сходства историй, а не на подлинные события».