После балканской кампании немецкие войска были выведены из Болгарии. Болгарское правительство не объявило войны Советскому Союзу и не присоединилось к Германии в момент ее нападения на СССР. И хотя Англия и США формально находились в состоянии войны с Болгарией, Советский Союз с ней не воевал, и в Москве и Куйбышеве в течение всей войны находился болгарский посланник. Немцы использовали Болгарию как источник сырья и военно-морскую базу на Черном море.
Летом 1943 года после смерти царя Бориса правительство назначило регентский совет при малолетнем наследнике престола Симеоне.
С лета 1941 года в стране начало разворачиваться активное движение Сопротивления. Поскольку присутствие немцев на территории Болгарии не носило характер оккупации, то и движение это не являлось по сути антифашистским. Оно было направлено на свержение «реакционного» буржуазно-демократического режима, изменение существующего строя и создания нового общества по советской модели. Естественно, что организатором и руководителем движения была Болгарская рабочая партия коммунистов. Компартия звала трудящихся на борьбу с «монархо-фашистской диктатурой», стремясь вовлечь в борьбу как можно более широкие массы народа. В июне 1941 года сформировался первый партизанский отряд, а уже в апреле 1943-го по решению ЦК БРП был организован Главный штаб Народно-освободительной повстанческой армии. Тяготы военного времени, разорение хозяйства, ужесточение полицейского режима расширяло социальную базу Сопротивления.
17 апреля 1944 года Советское правительство предъявило ноту, в которой обращалось внимание болгарского правительства на несовместимость нормальных отношений между СССР и Болгарией с такими фактами, когда, в связи со все ухудшающимся военным положением Германии, портовые города Варна и Бургас были превращены в германские базы. В этот период они активно использовались для эвакуации войск из Крыма. Кремль-предложил болгарам немедленно прекратить использование Германией болгарской территории и портов против Советского Союза. Единственным результатом принятия такого решения могла быть только оккупация страны. Кроме того, советское правительство выразило пожелание восстановить советское консульство в Варне, а также учредить консульства в Бургасе и Русе.
В ноте от 18 мая советское правительство отметило, что правительство Болгарии «выискивает предлоги, чтобы уклониться от прямого предложения… об открытии советских консульств в Болгарии», и предупредило, что без удовлетворения этих требований «оно будет считать невозможным сохранение отношений с Болгарией как с государством, которое помогает и намерено помогать впредь гитлеровской Германии в войне против Советского Союза».
Болгарские представители все обвинения упорно отрицали, напоминая, что не принимают участия в войне против СССР.
Одновременно пришедшее к власти правительство Багрянова искало возможности заключения мира с Англией и США: «Болгарские монархофашисты, боясь своего народа и вступления Красной Армии в Болгарию, соглашались на оккупацию страны англо-американскими войсками». Однако эти зондажи не привели к выходу Болгарии из войны.
К августу 1944 года вопрос о консульствах потерял актуальность, 12 августа в новой ноте вопрос был поставлен прямо и конкретно: «Если Болгария думает как-либо выйти из тупика, то в настоящее время вопрос может стоять только о разрыве Болгарии с Германией». Через неделю началось триумфальное наступление войск 2-го и 3-го Украинских фронтов. Еще через три дня пало правительство Антонеску. На болгарскую территорию отходили остатки немецких войск, разгромленных в Румынии. Германские корабли и транспортные суда перебазировались в болгарские порты.
26 августа правительство Багрянова заявило о том, что Болгария, соблюдая полный нейтралитет, в соответствии с Гаагской конвенцией будет разоружать немецкие войска, которые откажутся оставить ее территорию. Болгарский Генеральный штаб с ведома правительства официально уточнил с германским командованием порядок беспрепятственного отхода немецких войск из Болгарии. Так же поступил командующий болгарским флотом, не предпринявший никаких действий против находившихся в болгарских портах немецких кораблей. Болгарское правительство упорно не хотело ни с кем воевать. Генерал Шнекенбургер, представлявший в Болгарии германское командование как «фиктивное интернирование, под которым понимается интернирование для внешнего эффекта».
Гораздо больше правящие круги Болгарии опасались советского присутствия. В секретном докладе Багрянова регенту князю Кириллу 31 августа глава правительства рекомендовал делать все, чтобы воспрепятствовать вступлению советских войск на болгарскую землю. Одновременно он считал, что необходимо и дальше вести переговоры с представителями Англии и США и ни в коем случае не допустить «большевизации» страны.