В Оперативном управлении Генерального штаба вновь достали карты Крыма. При обсуждений различных вариантов дальнейших действий часть операторов вынесла предложение Крым пока не брать, а изолировать там противника и освободить большую часть высвободившихся войск двух фронтов для действий на других направлениях. Полуостров, узкие подступы к которому легко было запереть, не представлял собой базы, откуда можно было бы нанести удар, да и силы 17-й армии — трех немецких и семи румынских дивизий — были недостаточными и непригодными для ведения подобных наступательных действий.
Однако это был бы несоветский подход, ведь нет таких крепостей, которые не могли бы взять большевики. Поэтому точка зрения «изоляционистов» была забракована в принципе: только штурм. Вопрос следовало рассматривать в единственной плоскости: «каким образом брать полуостров».
22 сентября по запросу Ставки свои соображения на этот счет прислал маршал Василевский. Его замысел состоял в том, чтобы войска Южного фронта одновременно с обходом Мелитополя с юга быстро захватили Сиваш, Перекоп, Джанкой и ворвались бы в Крым на плечах противника. Для этого предлагалось усилить армии Толбухина за счет Северо-Кавказского фронта. Кроме того, в район Джанкоя должны были высаживаться воздушный и морской десанты с целью выхода в тыл противнику, оборонявшему Сиваш, и нанесения удара в северном направлении, навстречу войскам Южного фронта.
Однако перегруппировка целого фронта — дело хлопотное. Вместо массирования сил на одном направлении было принято решение одновременно с прорывом перекопских позиций форсировать Керченский пролив.
12 октября генерал Петров, получив соответствующую директиву Ставки, отдал приказ войскам фронта на проведение совместно с Черноморским флотом и Азовской военной флотилией десантной операции с целью овладения Керченским полуостровом. Поначалу Петров предполагал осуществить высадку двух армий на широком фронте, не только в Керчи, но и в районе Ялты, Алушты или непосредственно в Севастополь, чтобы заставить противника рассредоточить свои войска. Однако это оказалось невозможно ввиду плачевного состояния флота.
Уже опыт проведения Керченско-Феодосийской операции 1941 года показал, что операции такой сложности нашим морским стратегам не по зубам. Тогда в условиях абсолютного советского господства на море и в воздухе погибла почти половина десанта и множество плавсредств, получили повреждения практически все привлеченные к операции боевые корабли. Немецкий автор К. Юон, оценивая тот десант в Крым с точки зрения «противоположного лагеря», пишет: «Флот не располагал мало-мальски пригодными десантными средствами, противовоздушная оборона была слишком слабой. Господство на море было безрезультатным из-за отсутствия хотя бы временного господства в воздухе. Высадка десанта в зимнее время без прикрытия авиации, без метеослужбы, без противотанкового оружия привела к тяжелым потерям. Еще раз советское командование проявило полное равнодушие к человеческим жизням, ограничиваясь высокопарным восхвалением героизма».
Осенью 1943 года возможностей для проведения крупной десантной операции было еще меньше. Полностью отсутствовали транспорты и высадочные средства специальной постройки. За два года войны Черноморский флот понес тяжелые невосполнимые потери: 1 крейсер, 3 лидера, 11 эсминцев, 28 подводных лодок, десятки катеров, сотни вспомогательных судов и вооруженных пароходов. Буквально накануне, 5 октября, три стратега — Кузнецов, Петров и Владимирский — послали отряд в составе лидера «Харьков», эсминцев «Беспощадный» и «Способный» в набег на Ялту. Отработав стрельбу по берегу, в результате которой погибло несколько жителей города и ни одного солдата противника, корабли утром легли на обратный курс. 6 октября на отходе они были настигнуты и уничтожены немецкими пикировщиками.
От такой бессмыслицы Сталин пришел в ярость. Верховный велел от греха подальше все крупные боевые корабли Черноморского флота вывести в резерв Ставки.
Азовская военная флотилия только в августе 1942 года при прорыве в Новороссийск потеряла 107 катеров и вооруженных судов, 14 кораблей были взорваны в базах. Немцы, в свою очередь, оставляя Таманский полуостров, уничтожили или увели в Крым все, что могло держаться на воде. Флотилия создавалась заново.
Таким образом форсировать Керченский пролив было фактически не на чем, об огневой поддержке со стороны боевых кораблей нечего было и заикаться, а большая часть полевой артиллерии до крымского берега не доставала. К тому же надвигался сезон осенних штормов.
Но задача была поставлена, Петрову и курировавшему фронт маршалу Тимошенко предстояло ее выполнять. На подготовку отводилось две недели. Итоговый замысел операции сводился к высадке крупных сил севернее и южнее Керчи. После захвата плацдармов войска должны были ударами по сходящимся направлениям овладеть портами Керчь и Камыш-Бурун, далее развивать наступление на запад и во взаимодействии с войсками Южного фронта освободить Крым.