После этого события в Москву было направлено «прелестное письмо», в котором Лжедмитрий, величая себя уже даже не царевичем, а царем, называл Федора своим «изменником». Распространителей послания самозванца предавали пыткам и казни. По словам голландского дипломата Исаака Массы, семья Годуновых после поражения при Кромах закрылась в Кремле, опасаясь жителей столицы больше, «нежели неприятеля или сторонников Дмитрия».
Убийство Федора и Марии Годуновых
Из Тулы в подмосковное Красное Село приехали сторонники надвигавшегося на столицу Лжедмитрия Никита Плещеев и Гаврила Пушкин. Заручившись поддержкой красносельцев, восстание которых перекинулось на Москву, Плещеев и Пушкин прибыли в столицу, на Лобное место, и с него прочли послание самозванца. Это случилось 1 июня. В тот же самый день жители столицы, при попустительстве боярского правительства, арестовали Федора Борисовича, а также его мать и сестру Ксению в Кремле, причем находилось семейство не в царских палатах, а «на собственном дворе Бориса». Новым государем был провозглашен Лжедмитрий под именем Дмитрия Ивановича. Наряду с царской семьей были арестованы и остальные представители Годуновых, а также их родственники Сабуровы и Вельяминовы. Столицу, тут же воспользовавшись возникшей ситуацией, от имени «Дмитрия Ивановича» фактически контролировал двоюродный брат Марии Годуновой, Богдан Бельский. Он при всем народе поклялся москвичам, что это именно он спас от смерти царевича Дмитрия в Угличе. Однако самозванец не мог ему доверять, так как Бельский приходился Годуновым родней, а потому Богдана вскоре заменили на присланного из Тулы Василия Васильевича Голицына.
Прямо перед самым вступлением Лжедмитрия в Москву Федор и его мать были задушены в своем кремлевском доме. В «Московской хронике» Конрада Буссова говорится, что находившийся в этот момент в Серпухове самозванец отказывался повляться в столице до тех пор, пока не будут ликвидированы Годуновы. Причем нельзя сказать, чтобы это распоряжение Лжедмитрия было секретным. Напротив, его передали жителям столицы в открытом послании. Когда арестовывали патриарха Иова, на подворье Годуновых возник Василий Голицын со стрельцами и приказал убить царя Федора. Рядом с Голицыным находились также князь Мосальский, дьяки Молчанов и Шерефединов. Но, как свидетельствует бывший в то время в Москве шведский дипломат и историк Петр Петрей, непосредственным убийцей был подьячий Иван Богданов, якобы тайно присланный для этого в Москву.
Царь Федор был крепким и сильным юношей. Он оказал сопротивление пытавшимся его убить мужчинам. Вчетвером они едва одолели молодого государя. И хотя впоследствии был озвучена официальная версия смерти Федора и Марии – отравление, их тела, выставленные на всеобщее обозрение, имели явные следы насильственной смерти. По словам П. Петрея, «следы от веревки, которой они были задушены, я видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей». Тела Федора и Марии, а также извлеченное из гробницы в Архангельском соборе тело Бориса Годунова по приказу Лжедмитрия захоронили безо всяких почестей, без отпевания, как самоубийц, во второстепенном московском женском Варсонофьевском монастыре.
В 1606 году по распоряжению царя Васи лия Шуйского останки царского семейства торжественно перенесли в Троице-Сергиев монастырь, где в особой усыпальнице, возведенной в 1783 году, они покоятся и поныне.