Архимандрит дал свое благословение, но затем изменил это решение. В связи с этим, Лужин вновь обратился к архимандриту, уведомляя, что «представители прессы, осведомленные о приступлении мной к означенному исправлению могилы, и теперь, уведомленные о Вашем отказе, настоятельно просят от меня открыть, по какой причине мое благое начинание имело в самом начале такой печальный конец, и желают этот интересный вопрос выяснить принципиально в печати»1. Ответа на это письмо в деле не содержится, видимо, данная инициатива заглохла, но вскоре над могилой писателя был установлен еще один памятник – плита в виде саркофага с краткой эпитафией и цитатами из Священного Писания, а могила обнесена решеткой, выполненной по проекту скульптора Н.А. Андреева. Какие-то работы по благоустройству могилы проводились и в 1909 г., когда отмечалось столетие Гоголя.
В таком виде мемориал Гоголя просуществовал до 1917 года. В 1919 г. монастырское кладбище было закрыто для захоронений, а основную часть территории обители заняли рабочие общежития, затем здесь разместилась колония для несовершеннолетних преступников. Некрополь стали постепенно разрушать. В фототеке Государственного научно-исследовательского музея архитектуры им. А.В. Щусева сохранилась фотография могилы Гоголя, выполненная москвоведом А.Т. Лебедевым в 1928 г. На ней видно, что в это время крест на могиле писателя был уже ликвидирован, а окружающие надгробия снесены.
Общество «Старая Москва» пыталось противостоять уничтожению московских некрополей. Совместно с Губмузеем и Всероссийским союзом писателей общество создало Комитет по охране могил выдающихся деятелей на кладбищах Москвы и губернии. В 1927–1929 гг. членами этого комитета были составлены списки могил, подлежащих охране на закрытых кладбищах. В Даниловом монастыре были отмечены 30 могил, в том числе, и могилы Н.В. Гоголя, А.С. Хомякова, Н.М. Языкова. Однако такое количество охраняемых могил показалось чрезмерным Моссовету. В 1929 г. Отдел благоустройства объявил о том, что после ликвидации кладбища планируется оставить только семь памятников – Н.В. Гоголю, А.С. Хомякову, Н.М. Языкову, художнику В.Г. Перову, музыканту Н.Г. Рубинштейну, декабристам Д.И. Завалишину и В.М. Голицыну2. Но даже и эти намерения не были выполнены. Монастырский некрополь было решено уничтожить полностью. Единственной возможностью спасти захоронения стал их перенос. Забегая вперед, скажем, что с некрополя Данилова монастыря перенесли пять захоронений; могилы Завалишина и Голицына оказались утраченными.
Перенесение праха Гоголя, Языкова и Хомякова состоялось 31 мая 1931 г. Средства на проведение работ были выделены Союзом писателей. Общее руководство осуществляла Мария Юрьевна Барановская (1902–1977), сотрудница Исторического музея, супруга реставратора П.Д. Барановского. Ей же довелось руководить и переносом других захоронений – Д.В. Веневитинова и Аксаковых с кладбища Симонова монастыря. Охраной памятников некрополя Барановская занималась и в дальнейшем. В конце 1940—начале 1950-х гг. она составила обширные списки захоронений выдающихся деятелей, погребенных на московских кладбищах, в которых зафиксированы могилы и памятники, утраченные к настоящему времени.