Частная торговля и злоупотребление служебным положением, ставшие неизбежными спутницами деятельности VOC, признаны одними из главных причин краха компании в конце XVIII в., когда циники расшифровали ее аббревиатуру как Vergaan Onder Corruptie — «рухнувшая из-за коррупции». Доподлинно неизвестно, сколько потерь понесла из-за этого компания, но ее поздние историки склонны считать, что несоответствие требованиям европейского рынка, изменившиеся условия в Азии и возросшее число конкурирующих иностранных компаний в большей степени ответственны за подрыв коммерческих позиций VOC, чем взяточничество и коррупция среди ее якобы «вороватых, ленивых и некомпетентных чиновников». К утверждениям, будто стоимость контрабандных грузов на борту возвращавшихся домой голландских «индийцев» зачастую превышала стоимость грузов самой компании, определенно следует подходить с осторожностью; однако уже не далее чем в 1639 г. Heeren XVII жаловались, что лавки Соединенных провинций настолько плотно укомплектованы контрабандным товаром из Ост-Индии, что региональные отделения компании были ущемлены в продаже собственных квот импорта. Также критики VOC открыто утверждали в конце XVIII в., будто частная торговля и коррупция среди служащих компании на Востоке наносила больше урона, чем аналогичная практика, превалировавшая в EIC; однако это опять же трудно проверить из-за отсутствия точных оценок сумм, которыми оперировали обе компании. Также стоит отметить, что, как подчеркнул профессор Колхас, коррупция в Британской Ост-Индской компании достигла наибольших масштабов (реальных или кажущихся), возможно, только в период наибольшего процветания этой корпорации, во второй половине XVIII в.
Вряд ли нужно добавлять, что точно так же, как в Голландской Ост-Индской компании, частная торговля процветала и среди служащих Вест-Индской компании и по тем же основным причинам: мизерное ежемесячное жалованье, неопределенность жизни в тропиках, искушающие возможности легкого и быстрого обогащения нечестным путем и всеобщее убеждение, будто «южнее экватора Десяти заповедей не существует». Директора Вест-Индской компании, как и их коллеги из VOC, создавали изощренные правила ради пресечения контрабандной торговли и угрожали их нарушителям, схваченным за руку, страшными карами, однако эти санкции на берегах Атлантического океана оказались столь же неэффективны, как и на берегах Индийского океана и Южно-Китайского и других морей. Точно так же, как в «сестринской» компании, фискальные и другие чиновники, обязанные следить за выполнением направленных против контрабанды предписаний, оказались именно теми, кого было проще всего подкупить и «которые позволяли подкупить себя всеми доступными средствами».
Разделение обязанностей между персоналом любой отдельно взятой фактории, естественно, варьировалось в соответствии с численностью штата и значимостью конкретного места. Например, некоторые из самых маленьких агентств на Молукках управлялись одним-двумя европейцами, тогда как в укрепленных гаванях и гарнизонных городах их могло находиться несколько сотен. Подробный отчет, приведенный Дэниелом Хавартом относительно голландских факторий на Коромандельском берегу за 1680 г., можно считать вполне типичными и резюмировать следующим образом. Старший торговец или управляющий, Opperhoofd, имел дело с индийскими купцами, заказывал ткани, отвечал за кассу, принимал поступающие наличные средства и уполномочивал кассира делать платежи. Tweede, второй по старшинству, вел гроссбухи, контролировал склады (godowns), помогал определять качество тканей и составлял накладные для их экспорта. Исходящую корреспонденцию должны были подписать оба торговца — руководителя. Третий торговец — если только таковой имелся — использовался для ведения повседневных дел и закупок товара во внутренних районах. Разные помощники, клерки и писцы выполняли свои функции под присмотром старших. Правила гражданского контроля являлись краеугольным камнем службы в обеих «индийских» компаниях. Самую главную должность неизменно занимал торговец, обычно в ранге Opperkoopman — старшего торговца, причем даже в хорошо укрепленных поселениях с сильными гарнизонами, такими как, например, крепость Зеландия на Формозе (Тайване), форт Белгика на островах Банда, Пуликат на Коромандельском берегу и крепость Элмина в Гвинейском заливе.