С началом войны на Востоке занимает должности Члена военного совета Западного, Центрального, Брянского фронтов, Третьей ударной армии Калининского фронта. Оставаясь Первым секретарём, уделяет внимание созданию системы управления партизанскими силами в лесах Белоруссии. За активные действия по созданию сети партизанских отрядов получил звание генерал-лейтенанта.
Недавно возглавил Центральный штаб партизанского движения при Ставке Верховного Главнокомандования. Пономарёв наполнил леса Белоруссии, а теперь и Смоленской области офицерами-чекистами. Воздушным путём чекисты получают оружие и немного продуктов питания из-за линии фронта.