И в молодые, и в поздние годы он обычно не терял здравого смысла; не верил в сверхъестественное. С позиций рационализма он исследовал и библейские тексты (что в те времена было распространено среди учёных). Его богословские труды высоко оценил Джон Локк. Из них опубликована меньшая часть, по-видимому, наиболее ортодоксальная. Судя по некоторым сведениям, Ньютон склонялся к арианству: не признавал божественную природу Христа и считал его необыкновенным, но всё-таки человеком, посредником между людьми и Богом, пророком (как в исламе?).
Верил ли Ньютон в возможность откровения, позволяющего предвидеть будущее? Только для библейских пророков. Свои достижения он не приписывал каким-то сверхобычным качествам ума, которые иногда людям кажутся гениальностью, определяемой особой комбинацией генов. На этот счёт у Ньютона, причисленного к величайшим гениям человечества, было собственное мнение:
«Когда я писал свой труд о системе мира, я направлял свое внимание на такие принципы, которые могут вызвать у мыслящего человека веру в Божественное существо, и ничто не доставляет мне такой радости, как видеть себя полезным в этом отношении. Если я, однако, оказал человечеству таким образом некоторую услугу, то обязан этим не чему иному, как трудолюбию и терпению мысли».
Почему Ньютон не удовлетворился изучением природы, а занимался ещё и богословием? Ответ на этот вопрос можно найти в некоторых отступлениях от научного метода, которые он позволял себе в классических «Началах…». В заключительной главе сказано:
«Изящнейшее соединение Солнца, планет и комет не могло произойти иначе, как по намерению и власти могущественного и премудрого Существа». И ещё: «От слепой необходимости природы, которая повсюду и всегда одна и та же, не может происходить изменение вещей. Всякое разнообразие вещей, сотворенных по месту и времени, может происходить лишь по мысли и воле Существа, необходимо существующего».
На страницах этой монографии начертано его знаменитое «гипотез я не измышляю». Однако он принял как истину гипотезу Бога, ибо иначе не мог найти объяснения изумительной гармонии Мироздания и происхождения законов природы – первопричине всего сущего.
Но если на это неспособен рациональный ум и бессилен научный метод, он предполагал, что некоторые из людей способны интуитивно воспринимать божественные законы, которым подчиняется человеческое общество как единое целое. Значит, в принципе можно предвидеть дальнейший ход исторических событий (но не личных судеб людей).
Сторонники возможности такого мистического проникновения в будущее в немалом количестве имеются и в наши дни. Научные доводы и соображения здравого смысла для них не имеют значения. Эти люди охотно верят шарлатанам, экстрасенсам, астрологам, а то и психически больным, уверяющим, будто им дан дар (или знание) предвидения.
Ньютон не был ни наивен, ни глуп. Однако авторитет Священного Писания он воспринимал всерьёз. Некоторые явные логические неувязки и сомнительные места, которые в нём встречаются, он не мог принимать на веру без логического анализа: сказывалась научная закалка ума. Поэтому он исходил из того, что многие тексты Библии следует толковать аллегорически.