В целом же фронтовая операция являлась частью стратегической, а армейская — частью фронтовой. В отдельных случаях (особые условия местности или действия на самостоятельных операционных направлениях) общевойсковые армии проводили операции самостоятельно. Скажем, так действовала Приморская армия при освобождении Крыма в 1944 году.
Оперативно-стратегическое и тактическое искусство советских войск в годы войны значительно обогатилось теорией и практикой организации обороны, причем как в стратегическом, так и в оперативном и тактическом масштабе. Наиболее трудные условия для организации и ведения оборонительных операций были в первом периоде войны, когда войска Красной Армии не имели сплошного фронта обороны и хорошо организованной системы огня, да и не было для этого необходимых сил и средств и, что не менее важно, не было опыта. В ту пору оборона не выдерживала мощных и глубоких ударов крупных танковых группировок противника. Особенно характерным это было для лета — осени 1941 года и лета 1942 года. Почему?
До войны организация и ведение обороны рассматривались лишь в рамках армейской оборонительной операции, а вопросы выхода из боя и отхода вообще не отрабатывались. Кроме того, командующие, командиры и штабы всех уровней не имели опыта создания необходимых группировок сил и средств в сложной обстановке, а также заблаговременной подготовки оборонительных рубежей как в тактической, так и оперативной глубине. Все это познавалось в тяжелейших условиях войны, оплачивалось большими потерями личного состава, боевой техники и обширных территорий страны.
Одной из характерных особенностей оперативной обороны в первом периоде войны было то, что фронты и армии действовали, как правило, в широких полосах: от 250 до 600 км и более во фронте и от 50 до 200 км в армии. Так, Юго-Западный фронт в июле 1941 года оборонял полосу до 680 км. Армии Западного фронта под Москвой обороняли полосы до 70 км и более. Оперативное построение войск фронта обычно было в один эшелон, в резерве командующего оставались одна-две дивизии. Армии строили оборону также в один эшелон при небольшом резерве (от полка до дивизии). Наиболее полно в инженерном отношении оборудовалась лишь главная полоса обороны.
Под Сталинградом и особенно в битве под Курском оперативная оборона войск Красной Армии уже имела выраженный глубинный характер. Причем как в отношении эшелонирования войск, так и инженерного оборудования, создания различных резервов и высоких плотностей артиллерии, а также минно-взрывных заграждений. Оборона в то время стала многополосной и глубокой: оборудовалось два-три фронтовых рубежа на расстоянии 25–40 км, а в армии — три полосы. Кроме того, создавались промежуточные и отсечные позиции. Глубина оперативной обороны достигала во фронте 150–200 км, а в армии — 40–50 км.
Искусство подготовки и ведения оборонительных операций неуклонно развивалось в направлении повышения устойчивости обороны, совершенствования инженерного оборудования местности. А также за счет создания эффективной противовоздушной и противотанковой обороны, придания ей большей активности путем широкого маневра силами и средствами, нанесения мощных контратак и контрударов. Яркий пример тому — Курская битва. Все это приводило к созданию непреодолимой обороны, к поражению наступающих группировок немецких войск и созданию благоприятных условий для последующего успешного наступления Красной Армии (примерно с 1943 года).
Великая Отечественная война привнесла много нового в теорию и практику управления войсками. В сложных условиях обстановки с первых дней войны требовалось быстро и решительно перестроить всю систему управления. Уже 30 июня 1941 года, то есть всего через восемь дней после начала войны, был создан чрезвычайный орган — Государственный Комитет Обороны, а десятью днями позже — Ставка Верховного Главнокомандования во главе со И. В. Сталиным.
Ставка ВГК работала на принципах централизованного руководства всеми военными действиями на суше, в воздухе и на море, а также партизанским движением. Ее рабочим органом был Генеральный штаб РККА. По мнению выдающихся полководцев, в их числе и прежде всего Маршалов Советского Союза Г. К. Жукова и А. М. Василевского, деятельность Ставки ВГК была неотделима от И. Сталина.
Видное место в руководстве войсками фронтов с 10 июля 1941 года занимали главные командования стратегических направлений (Северо-Западное — под руководством К. Ворошилова; Западное — С. Тимошенко, а с 1 февраля 1942 года — Г. Жукова; Юго-Западное — С. Буденного, а затем С. Тимошенко; Северо-Кавказское — С. Буденного). Это были новые органы оперативно-стратегического руководства войсками фронтов, созданные по принципу «ближний судит лучше дальнего». Все главнокомандующие направлениями являлись членами Ставки ВГК и были наделены большими правами и полномочиями по руководству подчиненными войсками.