22 ноября 1881 года на основании указа императора Александра III Кавказское наместничество фактически упразднено, вводится должность главного начальника гражданской частью на Кавказе с правами генерал-губернатора. Руководство отдельным регионом Кавказские Минеральные Воды на основании данного вердикта переходило из ведения Хозяйственного департамента Министерства внутренних дел Российской империи в Горный департамент Министерства государственных имуществ. К тому времени, 1 декабря 1882 года, заканчивался арендный договор с A. M. Байковым об управлении Кавказскими Минеральными Водами, который был продлен, в свою очередь, с 1 декабря 1878 года. После долгих споров о будущем курорте Кавказские Минеральные Воды 8 февраля 1883 года председатель департамента законов Государственного совета Российской империи, действительный статский советник Е. П. Старицкий принял нелегкое решение о продлении срока контрагентства A. M. Байкова на аренду до 1 декабря сего года для подготовки передачи всего имущества в казенное управление. 13 декабря 1883 года на Кавказских Минеральных Водах вводится должность правительственного комиссара и временный порядок заведования курортами. 9 марта 1884 года первым правительственным комиссаром Кавказских Минеральных Вод назначается Николай Павлович Щепкин, перешедший на эту должность с поста губернатора Уфы.
На основании ранее принятого вердикта от 13 декабря 1883 года центральным органом управления регионом становится дирекция КМВ, во главе с правительственным комиссаром, в подчинении которой находится структурное подразделение с положенными по штату: горные инженеры (5 человек), врач и фельдшер (2 человека), архитектор и 2 чертежника (3 человека), химик (1 человек) и ученый садовник. Правительственный комиссар Н. П. Щепкин от своих предшественников – Н. А. Новосельского и A. M. Байкова сильно отличался страстью к постоянному ремонту и строительству, благодаря чему на Кавминводах за короткий срок были введены в эксплуатацию гостиницы, пансионы, а также разбиты парки и проложены мощенные булыжником тротуары. Главным зодчим КМВ по протекции Н. П. Щепкина стал архитектор К. Н. Кодрунцев, приглашенный им из Уфы. При Н. П. Щепкине продолжились гидрологические работы по разведке и бурению новых скважин в Ессентуках, Железноводске и Кисловодске, только теперь уже на казенные деньги. Началась долгая работа по разработке экономически обоснованного проекта дальнейшего развития КМВ после долгих лет «затишья». Была осознана и необходимость принятия мер к улучшению социально-экономической обстановки в прилегающих к курорту поселениях. Уже во второй половине 1880-х годов началось осуществление некоторых задач в данном направлении. Однако видимые результаты работы казенного управления правительственным комиссаром Н. П. Щепкиным проявились только в 1890-х годах.
Правительственный комиссар Кавминвод И. В. Бертенсон
В сентябре 1889 года правительственным комиссаром КМВ был назначен профессор Военно-медицинской академии, врач-фармаколог, известный специалист по курортологии Петр Петрович Сущинский, который на своей должности прослужил до 1 марта 1894 года.
Несмотря на обширные энциклопедические знания и постоянно ведущуюся научную деятельность, П. П. Сущинский оказался плохим организатором и проводником собственных и правительственных идей в регионе КМВ. По причине излишней мягкотелости и нерасторопности П. П. Сущинского сняли с должности и назначили с 29 марта 1894 года правительственным комиссаром Иосифа Васильевича Бертенсона – известного российского врача, гигиениста и автора многочисленных (58 научных статей и пособий) работ на тему санитарного дела. Несмотря на тяжелую болезнь И. В. Бертенсона (предположительно рак желудка), он стал первым чиновником на КМВ, кто обратил внимание на ужасные условия проживания местного населения, где практически полностью отсутствовали такие понятия, как канализация и контроль за сточными водами, санитарная гигиена в лечебных учреждениях и гостиницах. Стоит отметить, что И. В. Бертенсон разработал достаточно эффективную узкоотраслевую профилактику предотвращения эпидемий в регионе Кавказские Минеральные Воды, в частности холеры.