В Российском государственном архиве социально-политической истории (РГАСПИ) материалы по истории темы содержатся в фонде Центрального комитета ВКП(б) – КПСС (Ф. 17), в следующих пяти описях: Оп. 88 – Сектор информации Организационно-инструкторского отдела (Д. 351), Оп. 121 – Технический секретариат Оргбюро, Оп. 122 – Организационно-инструкторский отдел, Оп. 125 – Управление пропаганды и агитации (Д. 44, 79, 92, 93, 188, 235, 261, 313, 327, 329, 332, 407), Оп. 132 – Отдел пропаганды и агитации (Д. 7, 111, 497). Среди материалов, большей частью не введенных в научный оборот, находятся секретные циркуляры ЦК, постановления Секретариата и Политбюро ЦК, документы Управления пропаганды и агитации, рассказывающие об организации контроля за деятельностью религиозных объединений, о роли партийных комитетов в проведении этой работы, сборе секретной информации о религиозной ситуации в стране, различного вида сводки, поступившие в ЦК из НКВД-МГБ, Совета по делам Русской Православной Церкви и других государственных органов. Значительный интерес представляют немецкие трофейные документы, содержащие данные о религиозной политике нацистской Германии и патриотической позиции конфессий на территории СССР. В этом же архиве следует упомянуть фонд Центрального штаба партизанского движения при ставке Верховного Главнокомандования, содержащий информацию об участии священнослужителей в партизанском движении, (Ф. 69. Оп. 1. Д. 747, 1075) и председателя ЦК «Союза воинствующих безбожников» Емельяна Михайловича Ярославского (Ф. 89. Оп. 4. Д. 92, 94, 96, 175).
Российский государственный военный архив в Москве (РГВА), хранит большую часть трофейных документов III рейха, вывезенных из Германии в 1945–1946 гг. Очень богат фонд Рейхсминистерства церковных дел (Ф. 1470), при этом его материалы территориально относятся лишь к оккупированным европейским странам и самой Германии, исключая СССР. Можно упомянуть следующие дела, содержащие переписку с различными государственными ведомствами и православными архиереями о положении Русской Церкви, проведении богослужений для восточных рабочих и советских военнопленных (Оп. 1. Д. 5, 9, 17–19: Оп. 2. Д. 5, 10, 11, 17). Не менее содержателен, применительно к избранной теме, фонд Главного управления имперской безопасности – РСХА (Ф. 500). Он включает специальное дело с приказами шефа полиции безопасности и СД о религиозной политике на оккупированной территории СССР за июль-ноябрь 1941 г. (Оп. 5. Д. 3). В нескольких делах хранится скопированная службами РСХА частная и деловая переписка русских священнослужителей за 1937–1942 гг. (Оп. 3. Д. 450, 453, 454, 456). Фонд Рейхсминистерства занятых восточных территорий (Ф. 1358) относительно небольшой, и по церковной тематике в нем могут быть использованы лишь доклады о положении в Прибалтике и Белоруссии за 1942–1943 гг. (Оп. 1. Д. 11, 12, 14) и бюллетени министерства (Оп. 4. Д. 10–12). Отдельные документы о Русской Православной Церкви хранятся также в фондах командующего полицией безопасности и СД «Остланда» (Ф. 504), Рейхсминистерства юстиции (Ф. 1146), Полицейских и административных учреждений Германии и временно оккупированных территорий (Ф. 1323), Рейхсминистерства просвещения и пропаганды (Ф. 1363) и ряде других.
В Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга (ЦГА СПб) большая часть материалов по теме хранится в 15 фондах. Следует отметить, что епархиальные власти лишь в 1990-е гг. получили возможность создавать собственный полноценный архив, документов до 1943 г. в нем почти нет, и поэтому источники, содержащиеся в ЦГА СПб, являются уникальными. Значительная доля их ранее была засекречена и закрыта для исследователей, другая находилась в свободном доступе, но практически не вовлекалась в научный оборот.
В архиве содержатся в основном материалы государственных учреждений, регулирующих деятельность религиозных организаций, в Ленинградской области. Наиболее крупный комплекс документов хранится в фонде Ленгорисполкома (Ф. 7384), в описи дел городской комиссии по делам культов. Это, прежде всего, дела по наблюдению за деятельностью храмов северной столицы с 1917 по 1943 гг.: исторические справки, инвентарные описи, анкеты и списки членов приходских советов, священнослужителей, протоколы приходских собраний, переписка, планы, фотографии церковных зданий и т. д. Значительную ценность представляют данные об открытии и закрытии храмов, проведении религиозных празднеств, регистрации различных религиозных обществ. Имеются в материалах комиссии и дела по разрушению церквей, арестам и высылке священнослужителей в 1930-е – 1940-е гг. Аналогичные сведения по другим городам Ленинградской области содержатся в документах Леноблисполкома, до 1944 г. имевшего в своем составе органы, регулировавшие деятельность религиозных объединений (Ф. 7179).