1 июня 1856 года Флобер сообщает Луи Буйле: «Наконец я отправил вчера дю Кану рукопись „Бовари“». Дю Кан в то время был одним из руководителей журнала «Ревю де Пари», где Флобер рассчитывал напечатать свой роман. Однако дю Кан и редактор журнала Лоран-Пиша потребовали внести в рукопись ряд исправлений, о которых позже Флобер напишет ему: «Вы хотели переделать мою книгу заново» (2 октября 1856). Редакцию оскорблял слишком густой и неприкрашенный колорит повседневности, господствующий в романе. Флобер не сдается, он готов забрать рукопись. 14 июля дю Кан пишет Флоберу письмо, где утверждает, что в «Бовари» есть «куча ненужных вещей», и предлагает обратиться для исправления к некоему «специалисту», который за сотню франков сделает из романа «действительно хорошую штуку». Флобер с возмущением отказывается. Редакция дает ему слово напечатать роман в сентябре и анонсирует «Бовари»; в анонсе указывается, что это «сочинение г-на
В начале декабря — новый конфликт с Лораном-Пиша, выбросившим из текста романа сцену в фиакре. Однако все отходит на второй план, когда проносится слух о надвигающихся неприятностях — о грозящем автору и журналу судебном преследовании за «Бовари». Хлопоты ни к чему не приводят, и 29 января 1857 года Флобер, Лоран-Пиша и типограф Пилле предстают перед Шестой палатой парижского суда по обвинению в «оскорблении общественной морали, религии и добрых нравов». Поскольку удар направлен прежде всего против оппозиционного журнала и к тому же касается отпрыска весьма почтенного в Руане доктора Флобера, защиту берет на себя руанский адвокат и политический деятель Антуан-Мари-Жюль Сенар. После суда Флобер пишет брату: «Защитительная речь г-на Сенара была восхитительна. Она подавляюще подействовала на прокурора, которого корежило в кресле, и он объявил, что отказывается от ответного слова… Зал был переполнен. Все шло великолепно, и я имел независимый вид. Один раз я позволил себе лично обличить во лжи товарища прокурора, чем тотчас же доказал его недобросовестность, так что он отказался от своих слов… Дядюшка Сенар говорил четыре часа подряд. Это был триумф как для него, так и для меня. Начал он речь свою с воспоминаний об отце Флобера, затем перешел к тебе, а потом уже стал говорить обо мне, после чего сделал подробный анализ романа и опроверг обвинение, касающееся инкриминируемых мне мест. Вот где он показал свою силу; товарищу прокурора, должно быть, здорово влетело в тот вечер!.. В своей защитительной речи дядюшка Сенар все время подчеркивал мой талант и называл мою книгу шедевром. Была прочитана почти треть ее». Спустя неделю суд вынес оправдательный приговор.
Процесс наделал шуму и создал роману неожиданную рекламу. Издатель Мишель Леви, с которым Флобер еще до суда вел переговоры об отдельном издании, торопит автора, у которого суд отбил охоту печатать «Госпожу Бовари». Флобер требует то широких полей, где он мог бы вписать выброшенные куски, то права прокомментировать места, объявленные в суде безнравственными. Наконец книга появляется, причем первоначальное посвящение Луи Буйле заменено посвящением Сенару. Сразу же расходятся 15 тысяч экземпляров.
Критика не могла обойти молчанием нашумевшее произведение, хотя автор его и был дотоле никому не ведом. Сам Сент-Бев печатает 4 мая в «Монитере» сочувственную рецензию, в которой хвалит «Бовари» как «целостное произведение, произведение продуманное, имеющее план, где все связано, где ничего не остается на долю творческой случайности, где писатель… от начала до конца сделал то, что хотел», говорит о мастерстве пейзажа, о бесстрастии и беспристрастности автора. Но в то же время он ставит «в упрек книге то, что положительное начало начисто отсутствует в ней». «Г-н Гюстав Флобер, отец и брат которого — врачи, владеет пером так, как иные — скальпелем. Вас, анатомы и физиологи, я узнаю во всем», — заключает свою статью Сент-Бев. Это обвинение подхватывают другие критические отзывы. Эстет Барбэ Д’Оревильи напишет, что «подражатель Бальзака и Стендаля», «неутомимый рассказчик», «невозмутимый аналитик» и «описыватель мельчайших подробностей, г-н Флобер, человек из мрамора, написал „Госпожу Бовари“ каменным пером, подобным ножу дикарей», что он чужд нравственности и безнравственности, ибо бесчувствен. Словом, Флобера, утверждавшего, что он взялся за «Бовари» «из ненависти к реализму», единогласно обвинили в слишком жестоком реализме.