"Госпожа Бовари" печаталась в журнале "Парижское обозрение" в последние месяцы 1856 года. Флобер выразил свое возмущение тем, что редакторы журнала делали в тексте романа сокращения; они обосновывали эти купюры соображениями художественного и цензурного характера. "Парижское обозрение" было на подозрении у правительства как один из органов печати либерального направления. Печатание романа в журнале привлекло внимание властей. Автор романа, издатель и типограф были привлечены к суду за "оскорбление общественной морали, религии и добрых нравов".
Защищал роман, по поручению Флобера, адвокат Сенар, друг отца писателя. Прокурор Пинар обрушился в своей речи на Флобера, обвиняя его в пропаганде безнравственности, в прославлении адюльтера. Прокурор обвинял писателя в том, что его роман подрывает уважение к религии, так как в нем выведен в отрицательном виде служитель церкви. Пинар указывал, что источником безнравственных идей и описаний в литературе является реализм, связанный с духом демократии. Сенар же в своей речи подчеркивал нравственно положительную и религиозную направленность в образе мыслей Флобера, ссылался в оправдание писателя на примеры из французской классической литературы, отмечал безупречную репутацию семьи романиста и т. п. Флобер предоставил Сенару возможность распространяться насчет его благонадежности, хотя в действительности он, столь ненавидевший буржуазные порядки, был далек от "благонадежности". Постановлением суда с Флобера были сняты предъявленные ему прокурором обвинения, но, как выразился Флобер по этому поводу, "удар был нанесен".
Писателя потряс факт судебного разбирательства как проявление чудовищного "социального лицемерия".
Отклики многих критиков на роман были откровенно враждебными. За Флобером одни отрицали какую бы то ни было оригинальность, объявляли его подражателем Готье, Бальзака и других, иные расценивали "Госпожу Бовари" как одну из самых безнравственных книг, какие только известны им.
Реакционная критика (Кювилье-Флери, Понмартен и другие) резко порицала Флобера за безнравственность его книги, за будто бы абсолютное равнодушие, проявляемое автором к порокам и добродетелям героев. Твердили при этом, что его персонажи не живые люди, а манекены или карикатуры и т. п. Понмартен высказал мысль о том, что роман Флобера есть "проявление болезненной экзальтации чувств и воображения недовольной демократии".
Флобера объявили творцом "мизантропического эпоса", старались под видом защиты "идеалов" дискредитировать суровую и честную правду жизни, ставшую главным героем первого реалистического творения Флобера.
Один из наиболее авторитетных критиков того времени, Сент-Бёв, своим откликом на роман положил начало своеобразному "медико-хирургическому" истолкованию особенностей реализма Флобера. "Сын и брат выдающихся врачей, — писал Сент-Бёв, — Гюстав Флобер держит перо, как иные — скальпель. Анатомы и физиологи, я нахожу вас повсюду".
Положительно расценил выход романа Шарль Бодлер. Тронутый отзывом, Флобер писал ему: "Вы проникли в тайники моего произведения, как будто мозг мой принадлежит вам: все понято вами и глубоко прочувствовано".
Из крупных писателей, современников Флобера, сочувственно отнеслась к нему Жорж Санд (статья в сборнике "Вопросы искусства и литературы"). Ценность книги Флобера, по ее мнению, в морально благотворном воздействии на многих реальных Бовари, живущих в обстоятельствах, сходных с изображенными в романе. Позже высокую оценку роману Флобера дали Золя и Мопассан. Последний писал в "Этюде о Флобере", что "выход в свет "Госпожи Бовари" был революцией в литературе".
Следует отметить наличие любопытных "зигзагов" в критических оценках романа Флобера. В период Второй империи реалиста упрекали в мелочной кропотливости описаний, в кощунственном взгляде на человека, в отсутствии возвышенных идеалов у его персонажей. После Парижской Коммуны, в семидесятые годы, намечается тенденция хвалить Флобера за трезвость в подходе к действительности. Влиятельный в свое время буржуазный литературовед Брюнетьер одобряет "Госпожу Бовари" за то, что в ней изображена жизнь такой, какова она есть, без всяких "химер". Кропотливая точность описаний, бытописательство выдавались теперь за высшую добродетель художника.
В конце прошлого века, в пору роста декадентской литературы, в критике пробуждается интерес к "формальным красотам" "Госпожи Бовари", которые воспринимаются в отрыве от содержания романа. Жизнь рассматривается упадочными писателями как сырой и грубый "материал", из которого художник лепит прекрасные формы. Типично в этом смысле высказывание О. Уайльда о романе: "Из низких сентиментальных любовных интриг простоватой жены деревенского доктора в грязной деревушке Ionville-L'Abbaye, близ Руана, Гюстав Флобер сумел создать классическое, образцовое по стилю произведение" ("Критик как художник").