Часть Тюрингии, где находился завод, была первоначально занята американцами, они же первыми из иностранцев и вошли в тоннели «Миттельверка». Там они обнаружили готовые к эксплуатации части ракет. Руководителем «Специальной миссии «Фау-2» был полковник Тофтой, который с самого начала поставил задачу максимально сохранить все компоненты, необходимые для сборки ракет, а потом подготовить их к транспортировке на кораблях в США. Серьезной проблемой стало то обстоятельство, что по Ялтинским соглашениям 1945 года вся Тюрингия должна была с 1 июня перейти под советский контроль. Американцы очень спешили, и заместитель Тофтоя майор Бромли нанял бывших пленных для эвакуации частей «Фау-2» из тоннелей. На нескольких грузовиках груз был доставлен в бельгийский Антверпен, где перегружен в деревянные ящики и погружен на корабли. Другой офицер из команды Тофтоя, майор Ставер, занялся поиском зарытой фон Брауном документации. Здесь тоже не обошлось без сложностей, но документы удалось обнаружить за пять дней до передачи территории советским войскам. Разумеется, они тут же были перевезены в американскую зону.
В Советском Союзе были осведомлены о существовании ракет «Фау-2», но к моменту завершения войны располагали лишь неполной картиной передовой ракетной технологии. Советские спецслужбы, так же, как и американцы, отправили в Германию своих специалистов, цель которых заключалась в охоте за технологическими трофеями нацистской Германии. В составе группы, возглавлявшейся генералом Николаем Петровым, был специалист по ракетным системам управления, наведения и связи Борис Черток из НИИ-1 Наркомата авиационной промышленности. Он прилетел в разрушенную войной Германию в конце апреля 1945 года.
В своих мемуарах Черток утверждает:
В Пенемюнде советским специалистам предстал только скелет полигона – немцы уничтожили все оборудование. Но оставались нетронутыми бункеры, дороги и тщательно разработанная сеть силовых и сигнальных кабелей. На упоминавшийся выше завод «Миттельверк» Черток попал в середине июня 1945 года и увидел, что американцы успешно вывезли самые ценные частично собранные «Фау-2» и огромное количество компонентов ракеты. Он посетил концлагерь «Дора», в котором жили работавшие на конвейерных линиях «Миттельверка» пленные. Один бывший заключенный вызвал у Чертока восторг, предложив ему гироскоп с ракеты, который он спрятал и хранил много месяцев. Местный немецкий инженер сообщил Чертоку, что сборочные линии действовали до последних дней войны и производили 35 снарядов в день. Он сказал также, что американцы вывезли основную часть ракет, но полагал, что русские смогут раскопать кое-что среди оставшихся обломков и мусора и восстановить около 20 ракет. Черток вместе со своей командой поселился на принадлежавшей фон Брауну вилле Франк неподалеку от Блайхероде. Его поразило богатство этого дома: большие комнаты, мраморная лестница и картины в золоченых рамах.
В работе над реконструкцией системы управления полетом «Фау-2» главной проблемой для советских спецслужб было отсутствие специалистов. Главные действующие лица немецкой ракетной программы в Пенемюнде, Дорнбергер и фон Браун, сдались американцам вместе с тоннами ценной документации. Советской стороне из высокопоставленных сотрудников команды фон Брауна достался лишь Гельмут Греттруп, руководивший лабораторией систем управления и телеметрии. Он не захотел присоединиться к бывшему шефу и сдаваться американцам, предпочтя в сентябре 1945 года перейти в организованный советскими спецслужбами институт «Рабе» в Блайхероде. Он сделал этот выбор, в немалой степени руководствуясь материальными стимулами и перспективой остаться в Германии – именно это обещали ему советские спецслужбы. Кроме того, в этом институте стали работать специалист по аэродинамике Вернер Альбринг, инженер-конструктор Йозеф Бласс, специалист по управлению и наведению Йоханнес Хох, специалист по гироскопам Курт Магнус, химик, специализировавшийся на жидком топливе, Франц Матес.