Полки нового строя формировались по родам войск. Вначале они появились в пехоте. Первые два таких полка были созданы в 1620 г. На вооружении пехоты находились мушкеты, отличавшиеся от пищалей только большим калибром и весом. С 1632 г. полки нового строя стали создаваться в коннице. В начале 80-х гг. XVII в. русская конница состояла из рейтар, гусар и конных копейщиков. Во второй половине XVII в. в русских войсках значительно повысился удельный вес артиллерии. К 70-м гг. XVII в. стрелецкое войско постепенно утрачивает свое значение. Основой боевой силой русских войск становятся полки нового строя, которые составляли три четверти всей армии.
В модернизации армии существенную помощь оказали иностранные специалисты, которые активно привлекались на русскую службу московским правительством. Одним из самых выдающихся среди них был шотландец полковник Александр Лесли. В 1630 г. московское правительство направило его в Швецию, Данию, Гамбург и Любек для того, чтобы пригласить на русскую службу опытных офицеров и нанять пять тысяч солдат. На службу принимались офицеры любого вероисповедания, за исключением католического. Неприязнь к католикам после «смуты» еще оставалась очень сильной. Лесли должен был также купить за границей пушки, пушечные ядра, мушкеты и сабли.
Со второй половины XVII в. в Московском государстве начинает вводиться местная система военного управления. К началу 80-х гг. в пограничных областях создается 10 разрядов во главе с воеводами. На территории разряда воевода имел военную и гражданскую власть, организовывал ведение разведки в приграничной местности. Все войска разряда составляли разрядный полк, в который входило несколько полков пехоты и конницы. В 80-х гг. XVII в. разрядная систем местного военного управления была распространена на всю территорию Русского государства. Это позволило улучшить систему учета и набора ратных людей.
Для объединения управления полками нового строя к 70-м гг. XVII в. были введены три генеральских чина. Большое значение в управлении войсками наряду с командиром полка стали иметь такие чины, как полковой «сторожеставец» и полковой «станоставец». Первый являлся старшим офицером полка и ведал походным движением, расположением войск на отдых, организацией походного охранения и охранением войск на отдыхе. Помимо этого полковой сторожевец занимался развертыванием войск для ведения боевых действий и организацией разведки. Полковой станоставец являлся младшим офицером полкового штаба и помощником полкового сторожеставца. В функции станоставца входило определение мест расположения войск на отдых. К середине XVII в. они стали называться полковыми квартирмейстерами и занимались главным образом оперативными вопросами. Об обязанностях полковых станоставцев впервые упомянуто в русском воинском уставе 1647 г. «Учение и хитрость ратного строения пехотных людей»
[401].В ходе реорганизации армии большое внимание уделялось разведке. Значение, которое придавалось ей во время военных действий, нашло отражение в первой военной печатной книге на русском языке — «Устав ратных, пушечных и других дел, касающихся до военной науки», написанной Анисимом Михайловым в 1621 г. В «Уставе» был обобщен богатый опыт организации и ведения военной разведки, накопленный в Московском государстве в предыдущие годы. В разделе «Указ о вестовщиках и лазутчиках» говорилось, что
XVII в. стал временем, когда более четкие формы приобрела борьба против иностранного шпионажа в России. От случайных, единичных мероприятий она становится более осмысленной и целенаправленной. Необходимость усиления борьбы со шпионажем была вызвана необычайной активностью иностранных шпионов после окончания «смуты». Эта активность объяснялась, во-первых, сложной внутриполитической обстановкой в стране после окончания гражданской войны, а во-вторых, массовым притоком на службу в Россию иностранцев, среди которых было много откровенных авантюристов.