Тяжело больной великий князь на Соборе только молчаливо присутствовал, от его лица фактически руководил судебным процессом наследник Василий. Главным обличителем ереси выступил Иосиф Волоцкий, который обрушил на понурые головы еретиков всю свою обличительную мощь, заклеймил отступников и потребовал для них смертной казни, невзирая на их вынужденное раскаяние. Ссылаясь на библейские примеры, грозный игумен доказывал, что против еретиков все средства хороши, включая хитрость и коварство. Только прижиганием огнем можно обезвредить язву, которая способна поразить все тело церкви.
Не все соборяне были согласны с Волоцким. Князь-инок Вассиан Косой от лица старцев Кирилло-Белозерского монастыря обратился к нему с Посланием, в котором упрекал Иосифа в том, что он руководствуется примерами Ветхого Завета, забыв о христианском милосердии. Фактически Вассиан обвинил самого Иосифа в «жидовствовании»: «Господь не велел осуждать брату брата, а одному Богу надлежит судить человеческие согрешения. Господь сказал: не судите и не судимы будете, и когда к нему привели жену, виновную в прелюбодеянии, тогда премилостивый судья сказал: кто не имеет греха, пусть первым бросит в нее камень. Если ты, Иосиф, повелеваешь брату убивать согрешившего брата, то, значит, ты держишься субботства и Ветхого Завета. Ты говоришь: апостол Петр Симона-волхва поразил молитвой, сотвори же сам, господин Иосиф, молитву, чтобы земля пожрала недостойных еретиков или грешников!» «Ты говоришь, что катанский епископ Лев связал епитрахилью Лиодора и сжег при греческом царе, — язвительно продолжал Вассиан. — . Зачем же, господин Иосиф, не испытаешь своей святости? Свяжи архимандрита Кассиана своею мантией, чтобы он сгорел, а мы тебя извлечем из пламени, как единого из трех отроков!»
Нил Сорский на Соборе отсутствовал, но его позиция известна. Осуждая еретиков и предавая их проклятию, старец Нил был противником их казни. На Соборе звучали и другие голоса, предлагавшие заточить еретиков в монастыри, не предавая их смерти. Но непреклонный Иосиф отвечал, что это будет благом для мирян и погибелью для тех монастырей, которые примут еретиков.
В итоге большинство Собора поддержало Волоцкого. Только что принявшие самоочистительные меры по борьбе с внутрицерковными злоупотреблениями, соборяне считали себя вправе не щадить тех, кого они считали врагами церкви. Сказалось и влияние «западного примера» — инквизиционные костры в это время горели по всей Европе. Только испанская инквизиция отправила на костер около 30 тысяч человек.
Еще в тринадцатом веке знаменитый богослов Фома Аквинский дал теоретическое обоснование казни еретиков: «Извращать религию, от которой зависит жизнь вечная, гораздо более тяжкое преступление, чем подделывать монету, которая служит для удовлетворения потребностей временной жизни. Следовательно, если фальшивомонетчиков, как и других злодеев, светские государи справедливо наказывают смертью, еще справедливее казнить еретиков… Ибо, как говорит св. Иероним, гниющие члены должны быть отсечены, а паршивая овца удалена из стада, чтобы весь дом, все тело и все стадо не подвергались заразе, порче, загниванию и гибели. Арий был в Александрии лишь искрой, однако, не потушенная сразу, эта искра подожгла весь мир (Арий — основатель
Окончательный приговор Собора был страшен. Еретиков предали анафеме и приговорили публичному сожжению. Исполнение приговора возлагалось на светскую власть. Для большего эффекта решили устроить настоящее аутодафе по испанскому образцу сразу в двух городах, наиболее подверженных ереси — в Москве и Великом Новгороде.
27 декабря 1504 года, на третий день Рождества, при огромном скоплении народа на льду Москвы-реки состоялась казнь. В деревянном срубе, обложенном хворостом, ждали своей участи посольский дьяк Иван Волк Курицын, боярский сын Дмитрий Коноплев и бывший духовник государевой снохи Иван Максимов. Сначала объявили их вины, потом палач зажег хворост. Сруб окутался дымом и пламенем. Издавая звериные вопли, живыми факелами заметались казнимые, запахло горелым человеческим мясом. Когда все стихло, палач урезал язык Некрасу Рукавову. Его, захлебывающегося собственной кровью, увезли в Новгород. Купца Семена Кленова в железах отправили в Волоколамский монастырь.