Начальные годы XVI века, 1503, 1505, отмечаются рядом церковных соборов в Москве, обсуждающих жгучие вопросы, возбужденные все еще не расследованной до конца и не ликвидированной ересью: вопрос о вмешательстве государства в церковные дела и о гражданской казни еретиков, вопрос о религиозном праве церкви и монашества владеть материальными богатствами и землями, вопрос о монастырских уставах, о так называемом стяжательстве и нестяжательстве. Постепенное осознание серьезной ответственности за все эти вопросы заставило придворные сферы более трезво взглянуть на отраву еретичества и согласиться на его истребление… Приблизившийся теперь к великому князю Иосиф Волоколамский, написавший уже своего «Просветителя», в ряде бесед с ним удостоился выслушать покаянное признание великого князя, который просил у Иосифа прощения в том, что он долго терпел ереси. Говорил Иосифу, что он уже просил такого же прощения и у других владык, и они ему уже прощение дали. Хотя заволжские богословы Паисий и Нил были по-прежнему против физических казней еретиков, но вместе с Иосифом и митрополит, и большинство епископов склонились, как и Геннадий Новгородский, к оправданию смертной казни. К собору в конце 1504 года великий князь приказал обыскать по всем городам и привести в Москву вождей ереси. Опять пред нами фигурирует очень малое число имен, но за ними все-таки подразумевается и какая-то, пусть немногочисленная, безличная «масса». Летопись выражается так: «Тояже зимы князь великий Иван Васильевич и сын его князь великий Василий Иванович всее Русии со отцем своим, с Симоном митрополитом, и с епископы и с всем собором обыскаша еретиков и велеша лихих смертною казнью казнити. И сожгоша в клетке дьяка Волка Курицына, да Митю Коноплева, да Ивашка Максимова декабря 27-го, а Некрасу Руковову повелеша языка урезати и в Новегороде в Великом сожгоша его. Тоеже зимы архимандрита Кассиана Юрьевского сожгоша и брата его (Ивашку Чернаго) и иных многих (?) еретиков сожгоша, а иных в заточение послаша, а иных по монастырем». Ересь этими решительными мерами, как некое хотя бы тайно организованное целое, была раздавлена. Но, конечно, как и после казни стригольников, не были погашены бродильные идеи, посеянные в более широких кругах. Во всяком случае, если не сама ересь, то возбужденные ликвидацией ее богословские вопросы не давали покоя церковному мнению. Последнее ждало мотивированного ответа на вопрос о целесообразности покаянной дисциплины, примененной Собором к относительному «множеству» второстепенных еретиков. Большинство из них, как и можно было ожидать, немедленно начали каяться. Церковь заспорила: как после бывшего горького опыта расценивать такие покаяния? Преподобный Иосиф, представитель большинства, утверждал, что покаяние это притворно, и самая вина кающихся тяжелее, чем ересь. Он квалифицировал ее не как ересь, а как полное отступничество от христианства. Сначала в предчувствии своей смерти великий князь Иван III склонен был прислушаться к голосу заволжцев и амнистировал многих кающихся. Но вступивший на престол сын его, Василий Иванович, был человек уже новых настроений, чуждый потерявшим моду соблазнам вольнодумства. Он «обыскал и у правил» и вновь вернул в заточение отпущенных. Вскоре к нему лично приблизился ученик преподобного Нила Сорского, вельможный и случайный постриженник в монашество Вассиан Патрикеев — Косой, и тот склонил князя дать свободу кающимся. Однако партия Иосифа вновь добилась соборного постановления возвратить отпущенных опять в заточение — с предписанием: «быть им неисходными до кончины живота их».