Труд Махмуда б. Вали на персидском языке, носящий название «Бахр ал-асрар фи манакиб ал-ахйар» («Море тайн относительно доблестей благородных»), был начат 14 сентября 1634 г. по поручению тогдашнего правителя Балха Аштарханида Надир-Мухаммада, брата и впоследствии преемника бухарского хана Имам-Кули (правил в 1611–1642) и окончен после 1050/1640–1641 гг. Сочинение состояло из семи томов по четыре отдела в каждом и являлось компендиумом по космографии, астрологии, географии и всеобщей истории. Истории посвящен шестой том, разделенный на следующие четыре части: в первой излагается история Чингиз-хана и его потомков, правивших в Китае и Персии; во второй — история потомков Чагатая (второго сына Чингиз-хана), правивших в Средней Азии; в третьей — история потомков Джучи (старшего сына Чингиз-хана), правивших в Золотой Орде; в четвертой — о потомках Тукай-Тимура, одного из сыновей Джучи, правивших в Астрахани, а затем в Бухаре в XVII–XVIII вв.
Знакомство с «Бахр ал-асрар» затрудняется не только тем, что сочинение до сих пор не издано, но и тем, что в различных рукописных собраниях находятся лишь отдельные тома и части этого ценного труда. Так, например, единственно известный список четвертой части шестого тома хранится в библиотеке India Office в Лондоне. До недавнего времени академик В. В. Бартольд (1869–1930) был единственным из отечественных востоковедов, кто смог познакомиться с текстом лондонской рукописи «Бахр ал-асрар». Ныне микрофильмы заключительной части шестого тома «Бахр ал-асрар», являющегося важнейшим источником для истории Средней Азии в конце XVI — первой половине XVII в., имеются в Санкт-Петсрбурге и Ташкенте.
К тексту «Бахр ал-асрар» обращались многие востоковеды, но до последнего времени никто не ставил перед собой задачи сделать сочинение Махмуда б. Вали темой отдельного исследования. Лишь в 2001 г. энергичный и талантливый выпускник магистратуры Восточного факультета СПбГУ А. К. Алексеев взял на себя труд написать историю Средней Азии при Аштарханидах по сочинению Махмуда б. Вали «Бахр ал-асрар».
Известно, что уроженец Балха Махмуд б. Вали был не только современником падения династии Шибанидов Мавераннахра и прихода к власти в Бухаре новой династии, но также — это очень важно здесь — дворцовым библиотекарем и историографом двора первых Аштарханидов. Именно в четвертой части шестого тома «Бахр ал-асрар», специально посвященной потомкам Джучида Тукай-Тимура, от которого вели свой род бухарские ханы так называемой Астраханской династии (Аштарханиды), следовало ожидать найти ответ на те спорные вопросы. Ожидания оправдались. Действительно в четвертой части шестого тома «Бахр ал-асрар» подробно освещаются обстоятельства создания Тукайтимуридами собственного государства в Мавераннахре и Северном Афганистане.
Согласно известиям Махмуда б. Вали, династические распри продолжались несколько лет. Наконец, и Шибаниды и Тукайтимуриды Мавераннахра собрали все наличные силы и в последний раз сразились в местности Баг-и Шимал в окрестностях Самарканда в 1601 г. Предводитель войска Аштарханидов Баки-Мухаммад опрокинул центр армии противника и «айаты победы и триумфа появились на скрижалях счастливых царевичей из рода Тукай-Тимура». Предводитель Шибанидов Пир-Мухаммад был ранен и захвачен в плен; через некоторое время он был казнен по приказу Баки-Мухаммада. Аштарханиды преследовали беспорядочно отступавших бухарцев и захватили большую добычу. Шибаниды Мавераннахра рассеялись кто куда и уже не представляли военной угрозы.
Столь полный разгром Шибанидов под Самаркандом Махмуд б. Вали заключает памятной фразой: «Поскольку дела Шибанидов в Мавераннахре на этом закончились, заботами управления (страной) занялись Тукай-Тимуриды».
После судьбоносной победы 1601 г. старшим ханом был объявлен Аштарханид Йар-Мухаммад, но он отказался ханствовать, сославшись на пожилой возраст, и добровольно передал власть своему старшему сыну Джани-Мухаммад-султану [Алексеев, 2004, с. 127–130; Алексеев, 2004а, с. 21–22].
Таким образом, отныне мы можем вполне обоснованно утверждать, что переход власти от Шибанидов Мавераннахра к Аштарханидов имел место в 1601 г., а первым ханом новой династии был Джани-Мухаммад-султан (правил в 1601–1603).
За первые 50 лет существования государства Аштарханидов на престоле сменилось 5 ханов в следующей последовательности: Джани-Мухаммад, Баки-Мухаммад (правил в 1603–1606), Вали-Мухаммад (правил в 1606–1611), Имам-Кули (правил в 1611–1642), Надир-Мухаммад (правил в 1642–1645) [Алексеев, 2004а, с. 23].
В связи с падением династии Шибанидов и приходом Аштарханидов значительно сократились пределы Бухарского ханства. Согласно автору «Бахр ал-асрар», при воцарении Аштарханидов государство было разделено всего лишь на шесть уделов: Бухара, Самарканд, Сагардж, Ура-Тюбе, Шахрисябз и Хузар. В XVII в. Ташкент, г. Туркестан, Сайрам, Андижан и ряд других культурных областей Западного Туркестана большей частью находились под властью казахских ханов и султанов.