Контрольные органы Президента РФ и Правительства РФ, Федеральная служба безопасности РФ, Служба внешней разведки РФ, правоохранительные органы, контрольные органы субъектов РФ, Центральный банк РФ и его контрольно-ревизионное управление, Министерство финансов РФ и его контрольно-ревизионное управление, налоговые органы и иные государственные контрольные органы, органы внутриведомственного контроля обязаны оказывать содействие деятельности Счетной палаты, предоставлять по ее запросам информацию о результатах проводимых ревизий и проверок.
При проведении контрольно-ревизионной деятельности в пределах своей компетенции Счетная палата вправе привлекать к участию в проводимых ею мероприятиях государственные контрольные органы и их представителей, а также на договорной основе – негосударственные аудиторские службы, отдельных специалистов.
Председатель Счетной палаты, заместитель Председателя Счетной палаты и аудиторы Счетной палаты не могут быть задержаны, арестованы, привлечены к уголовной ответственности без согласия той палаты Федерального собрания РФ, которая их назначила на должность в Счетную палату.
Инспектор Счетной палаты при выполнении им служебных обязанностей не может быть привлечен к уголовной ответственности без согласия Коллегии Счетной палаты.
Деятельность Счетной палаты не может быть приостановлена в связи с роспуском Государственной думы.
Средства на содержание Счетной палаты предусматриваются в федеральном бюджете отдельной строкой.
Должностные оклады инспекторов Счетной палаты устанавливаются на 20 % выше соответствующих окладов работников Аппарата Правительства РФ.
Счетная палата поддерживает связи со счетными и контрольными палатами и органами парламентского контроля иностранных государств и их международными объединениями, заключает с ними соглашения о сотрудничестве.
Счетная палата регулярно предоставляет информацию о своей деятельности средствам массовой информации, издает ежемесячный бюллетень.
Ежегодный отчет о работе Счетной палаты представляется Совету Федерации и Государственной думе и подлежит обязательному опубликованию.
Материалы по результатам проверок, связанные с сохранением государственной тайны, представляются палатам Федерального собрания РФ на закрытых заседаниях.
Были отмечены предусмотренные законопроектом позитивные изменения, связанные с созданием правовой основы для осуществления на всех уровнях бюджетной системы среднесрочного бюджетного планирования, упорядочением бюджетного процесса в части составления, рассмотрения и утверждения бюджетов бюджетной системы.
В нарушение Бюджетного кодекса РФ отдельные главные распорядители средств федерального бюджета заключают государственные контракты на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг для федеральных государственных нужд без проведения конкурсов.
Счетной палатой установлены факты несоблюдения Федерального закона от 21.11.1996 г. (№ 129-ФЗ) «О бухгалтерском учете», нарушений порядка ведения учета и составления бухгалтерской отчетности, искажения отчетных данных бухгалтерского учета и отчетности в главных распорядителях средств федерального бюджета и подведомственных им учреждениях. Счетной палатой установлены также факты нарушения Гражданского кодекса РФ, Налогового кодекса РФ, Таможенного кодекса РФ, федеральных законов «О науке и государственной научно-технической политике», «О лицензировании отдельных видов деятельности», «Об экологической экспертизе», «Об охране окружающей среды» и др.
Счетная палата обращала внимание Государственной думы и Совета Федерации на необходимость внесения изменений и дополнений в БК РФ в части: