Особые трудности в передвижении эвакопоездов возникали при активизации противника в воздухе. За период до 1.6.42 г. было совершено 4273 воздушных налета, из них 955 вызвали перерывы в железнодорожном движении. Максимальные перерывы в движении (2600 часов) приходятся на осень 1942 г. Особо подвергались ударам прифронтовые дороги: Одесская, Московско-Киевская, Калининская, Октябрьская, Московско-Донбасская и узловые станции — Елец, Грязи, Воронеж, Ростов, Батайск, Поворино. Максимальное время выхода этих дорог из строя составляло до 2262 часов, минимальное — 242 часа.
Управлению по эвакуации в таких условиях приходилось принимать экстренные меры по использованию обходных путей, вплоть до морских, речных судов и автотранспорта, согласованию работы эвакопунктов, организации питания, а иногда и медпомощи.
В связи со стабилизацией на фронте зимой 1941—42 г. и сокращением объема эвакуации Постановлением № 1066сс
Его создание было вызвано срывами в работе железнодорожного транспорта — длительными простоями, скоплением составов на отдельных станциях, выводом из строя авиацией противника отдельных узлов путей сообщения, а иногда просто неразберихой. Приходилось направлять туда ответственных представителей ГКО, чтобы ликвидировать пробки. Иногда такие представители на железнодорожных узлах были постоянными. И все же Комитету по разгрузке не удалось справиться с поставленными задачами, поэтому Постановлением ГКО № 1279
В таком составе комитет проработал до 19 мая 1944 г., выдержав колоссальную нагрузку. Им разрабатывались месячные планы использования железнодорожного, речного и морского транспорта. Счет шел на каждый вагон и платформу, железнодорожную цистерну, с распределением их на ту или иную железную дорогу, с указанием адресов отправителей и получателей, времени подачи составов для погрузки, места и времени прибытия на конечную станцию. Иногда к контролю за выполнением плана привлекался Берия. Перечисление заданий месячного плана занимало до 100 листов.
Летом 1942 г., когда враг рвался к Волге и Кавказу, вновь появилась необходимость в эвакуации предприятий, ценностей и населения. Постановлением ГКО № 1922
Состав комиссии несколько отличался от Комитета по эвакуации и ее функции были иными. Вот что говорилось в Постановлении ГКО «Об образовании при ГКО Комиссии по эвакуации»:
«1. Образовать при ГКО комиссию по эвакуации в составе: т. Шверник Н. М., т. Микоян А. И., т. Косыгин А. Н., т. Сабуров И. В., т. Меркулов (НКВД), т. Арутюнов (НКПС), т. Еремин П. Н. (зам. нач. тыла КА).
2. Установить, что комиссия свои решения об эвакуации предприятий, всякого имущества и населения вносит на утверждение ГКО и дает распоряжение, обязательное для всех наркоматов и местных организаций на исполнение по эвакуации».
Постановление подписал И. В. Сталин.
Ведущим структурным подразделением ГКО было Оперативное бюро ГКО. Оно представляло собой своеобразный штаб или оперативное управление, в задачи которого входили объединение и координация действий всех подразделений ГКО. Его образование было закреплено специальным постановлением ГКО — предельно кратким, но весьма важным для организации слаженной работы всего коллектива ГКО. Все документы — от небольших по значению до самых важных проходили через его руки.
8 декабря 1942 года Постановлением № 2615с «Об утверждении Оперативного Бюро ГКО»
Анализ деятельности Оперативного бюро, показывает, что «четверка» возглавляла ГКО еще и до принятия указанного постановления, а с выходом в свет постановления их права были закреплены юридически.
Оперативным бюро практически руководил Берия, так как многие документы он направлял за своей подписью на исполнение или «голосование» даже и тогда, когда в состав «четверки» входил заместитель председателя ГКО В. М. Молотов. Вскоре Берия были назначен председателем Оперативного бюро и заместителем председателя ГКО.
Знакомство с резолюциями членов Оперативного бюро (ОБ ГКО) показывает, насколько оперативна была реакция на вводные, диктуемые военной обстановкой.
Приобретенный в ходе войны опыт работы ГКО и Оперативного бюро показал, что необходимо расширить круг отраслей промышленности, находящихся в его ведении.