Некоторые посланцы проваливались, хотя их, как иностранцев, обычно надолго не сажали и спешили от них отделаться, высылая на родину. И что любопытно, при арестах своих граждан западные державы, как правило, выражали протесты не СССР, а НТС, использующему в своих целях их подданных. Становились членами Союза и советские граждане. Иногда — «самоприемом», иногда — устанавливая связь с эмиссарами из-за рубежа. Порой тоже попадали за решетку за антисоветскую деятельность. В 1960 г. арестовали ленинградского студента А. Черепнева, в 1963 г. за распространение листовок в Куйбышеве посадили А. Голика. Членом НТС являлся писатель Ю. Галансков он выпускал самиздатовский журнал «Феникс», был одним из организатором ежегодных диссидентских демонстраций на Пушкинской площади, которые с 1965 г. проходили каждое 5 декабря ("День Конституции" — еще сталинской). В 1967 г. он был арестован, и так называемый "процесс Галанскова, Гинзбурга, Добровольского и Лашковой" стал еще одним громким делом, вызвавшим сильный резонанс в среде интеллигенции и за рубежом.
Причем интересно, что не зная о принадлежности Галанскова и Добровольского к НТС, КГБ попытался использовать суд для очередной провокации против этой организации. Поскольку прежние приемы дискредитации НТС и обвинения в связях с гестапо провалились, теперь чекисты поступили более тонко и решили показать, что Союз связан… с самим КГБ. Как раз в период подготовки процесса в СССР прибыл очередной курьер НТС, венесуэльский гражданин Брокс-Соколов. Он должен был посетить другого члена организации, Э. Гуреева, но тот был уже арестован, и Брокс-Соколов тоже попался. Его обработали, пригрозили большим сроком, и он согласился сотрудничать с чекистами — дал показания, будто обвинительный материал против подсудимых по делу Галанскова (которых он и не знал), исходил от него. Потом это стало основой для целенаправленного распространения слухов об опасности связей с НТС, который якобы работает на КГБ. Подобные слухи запускались с тех пор неоднократно, в том числе и в западную прессу, и в 1983 г. НТС снова вынужден был обратиться к судебной защите — верховный суд земли Гессен признал такие измышления клеветой и запретил их распространение в печати. Что касается Ю. Галанскова, то он на свободу не вышел, и в 1972 г. умер в тюрьме. Еще одной жертвой борьбы стал член НТС историк Б. Евдокимов. Он арестовывался четырежды, в последний раз — в 1971 г., и отсидев семь лет, скончался вскоре после освобождения.
Против инакомыслия и свободомыслия коммунистические власти предпринимали самые широкомасштабные меры. Тем более что даже политика Хрущева была воспринята ортодоксами как непростительное послабление, и после его снятия последовали попытки «контрнаступления» — или по крайней мере, остановки начавшихся процессов духовного освобождения. Пленум ЦК КПСС 1964 г. принял постановление об усилении партийного контроля во всех звеньях государственных структур и жизненных сферах. Состоявшийся в 1966 г. XXIII съезд партии потребовал "давать решительный отпор вылазкам фальсификаторов истории" — а в качестве примера такой «фальсификации» приводился "Один день Ивана Денисовича" Солженицына. В литературе и искусстве стала внедряться система госзаказов — то есть создания книг и кинофильмов в виде эдаких "изложений на заданную тему", а то и по спущенным сверху сюжетам, в многократно согласованных и заранее оговоренных формах.
В 1967 г. на пост председателя КГБ назначили Ю. В. Андропова, известного своей "жесткой рукой" и выдвинувшегося благодаря активному участию в подавлении Венгерской революции. Одновременно было создано 5-е управление КГБ, специально нацеленное на борьбу с диссидентами и начавшее внедрять свою агентуру в общественные, молодежные, религиозные, научные организации. В этом же году в ходе торжеств по поводу 50-летия Октября Брежнев выдвинул тезис "обострения идеологической борьбы в современных условиях".
В 1969 г. вышло постановление ЦК "О повышении ответственности руководителей органов печати, радио, кинематографии, учреждений культуры и искусства за идеологический уровень публикуемых материалов и произведений". На практике, этим постановлением ужесточалась и без того действующая партийная цензура.