ГМШ и политорганы без шума, без суеты готовили моряков к опасности нападения, приучали флот к мобилизации по сигналу, а на время учений в мае июне дали четкое указание: если появятся неизвестный подводные лодки или авиация, применять оружие. В июне на двусторонние учения Черноморского флота совместно с войсками Одесского военного округа выехал адмирал И. С. Исаков. Нарком условился, что даст сигнал, если обстановка станет чрезвычайной. Флоту держать оружие в готовности № 1. На учениях Исаков предупредил высших командиров о возможном нападении Германии, сообщил, что по сигналу из Москвы флот должен будет применить оружие. Бригадный комиссар И. И. Азаров, посланный на учения с группой политработников, получил указание наркома и армейского комиссара И. В. Рогова прямо объяснять политработникам на кораблях, что оружие приводят в готовность на случай нападения фашистов. Так совпало, что на кораблях 14 июня приняли сообщение ТАСС, отвергающее "слухи о возможности войны" как "провокационные".
Азаров выступил перед личным составом "Красного Кавказа" и объяснил: сообщение - дипломатическое, надо выиграть время. "А дело военных людей быть всегда начеку". Откровенность удовлетворила моряков.
19 июня 1941 года Кузнецов приказал командующим флотами и флотилиями западных направлений объявить готовность № 2. Помимо всего это значило: рассредоточить и затемнить корабли и главные базы.
Настала суббота. Нарком ждал приезда вызванного из Берлина военно-морского атташе капитана 1 ранга М. А. Воронцова. Он переговорил с командующим КБФ В. Ф. Трибуцем, с командующим Северным флотом А. Г. Головко, затем с начальником штаба Черноморского флота И. Д. Елисеевым - "все как будто в порядке". Флоты уже три дня в повышенной готовности. Командные пункты развернуты. Увольнение ограничено. Черноморский флот вернулся после учений в Севастополь и перешел не на обычную готовность № 3, а на повышенную готовность № 2. В Доме флота идет концерт, но люди в штабах на месте. Оперативный дежурный по флоту в Севастополе отметил, что немецкие транспорты, которые совершали регулярные грузовые рейсы между нашими портами Черного и Азовского морей и портами Румынии и Болгарии, вдруг все укрылись в болгарских и румынских портах.
Приехал Воронцов, "минут пятьдесят рассказывал о том, что делается в Германии, - вспоминал Николай Герасимович, - нападения надо ждать с часу на час. "Так что же это означает?" - спросил я его в упор. "Это война!" ответил он без колебаний".
После 23 часов Кузнецов передал флотам и флотилиям западных направлений сигнал - готовность № 1. Ценя минуты и опережая телеграмму, нарком снова позвонил в Таллин, в Полярное, в Севастополь и приказал, не дожидаясь посланного сигнала, немедленно переводить флоты на высшую готовность боевую.
Командующий КБФ вице-адмирал Трибуц спросил: "Разрешено ли открывать огонь в случае явного нападения на базы и корабли?" - "Можно и нужно!" ответил нарком, сознавая, что вопрос вызван неоднократными предупреждениями, что не следует поддаваться на провокации. Командующий Северным флотом контр-адмирал А. Г. Головко спросил: "Как вести себя с финнами? От них и с аэродромов оккупированной Норвегии германские самолеты летают к Полярному"... И тут был понятен смысл вопроса: над Полярным, как и над Либавой, часто летали самолеты-шпионы, но сбивать их было категорически запрещено. Нарком ответил: "По нарушителям нашего воздушного пространства открывать огонь". На Черноморском флоте по-прежнему дежурил начальник штаба контр-адмирал И. Д. Елисеев. Телеграмма еще не дошла. Нарком приказал: "Действуйте без промедления. Доложите командующему".
В журнале боевых действий КБФ через две минуты после окончания разговора с наркомом было записано: "23.37 - объявлена оперативная готовность № 1". В 1.03 телеграмма-сигнал дошла до Севастополя. Через две минуты она была на столе у начальника штаба. О переходе на готовность № 1 Елисеев около часу ночи известил штаб береговой обороны. Получив телеграмму, он вскоре вручил ее прибывшему в штаб командующему флотом вице-адмиралу Ф. С. Октябрьскому. Елисеев потом писал: "Немедленно привели в действие заранее отработанную систему оповещения. Предусматривалось два способа вызова личного состава: через оповестителей (скрытно) и по тревоге. Сначала я приказал использовать первый способ. Стали поступать сообщения, что переход на высшую готовность осуществляется недостаточно быстро. Тогда я приказал сыграть в базе тревогу".